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 Description d'un nouvel Ophrys

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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Sam 4 Mar 2017 - 13:50

Merci Yves de cet exposé.
Captivant, et pertinent, c'est certain ! What a Face

C'est pas gagné :
- pour répondre aux demandes de détermination !
- pour mettre à jour notre liste d'espèces ... variétés...formes etc. florilèges ...
Ce n'est pas moi qui aurait des exigences, encore moins des solutions !

Je vois, je lis, je vis sur le terrain des chipotages, des vierges effarouchées, des oukases etc.
J'ai nettement plus de mal, à m'y retrouver, dans tout ce que l'on a pondu ici depuis + de 10 ans !
Usure du temps, et vanités sporadiques (mais toujours actives) ont bien érodés le plaisir des débuts !  sffler
Pas vraiment scientifiques mes propos, je reconnais ! aie pas taper
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BF73



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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Sam 4 Mar 2017 - 15:14

Pour info, j'ai supprimé mon dernier message qui n'apportait pas grand chose à la discussion, HY a certainement pu le lire et y a répondu.

HY a écrit:
«….nous concluons que les Ophrys.......constituent des espèces distinctes en dépit de l'absence de différences phylogénétiques..…) ou encore « nous préférons la décrire au rang spécifique »

HY a écrit:
Par ailleurs, un concept c'est une création de l'esprit, une représentation mentale, c'est abstrait et il ne sert à rien de le définir, puisque chacun peut imaginer ce qu'il veut (à preuve les dizaines de définitions qui sont données de l'espèce).

J'y vois là le même genre d'argument.

HY a écrit:
Je penche plutôt qu'il faille comprendre que chez les Ophrys cette c'est plus net que chez bien d'autres genres, cette diversité. Le nombre sans cesse croissant d'hybrides identifiés, les déplacements des taxons, suggèrent fortement que ça bouge sous nos yeux

En regardant d'autres choses, à commencer par le genre humain, on s'aperçoit que ça bouge aussi vite.
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adrien

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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Lun 6 Mar 2017 - 10:10

Lire l'article dans la revue Espèces qui vient de sortir en kiosque sur ce sujet !
Ca recoupe là plupart des interventions lues ici.
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http://www.flickr.com/photos/adrien2008/collections/
BF73



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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 12:50

Alain a écrit:
à comparer avec certains groupes d'insectes où c'est pire comme l'explique très bien P.H.Gouyon dans cette "conférence" :
https://www.youtube.com/watch?v=HKMNTf4tBpE&list=PLeU78T5dtVW7H-acW8g1muT5HYm9YqAX5&index=3

J'apprécie beaucoup cet exposé, il répond à pas mal de questions, qui se chargent de l'envoyer à nos chers descripteurs ?

Ce rameau de l'arbre est abstrait, ce que l'on définit ce ne sont pas des espèces mais des séries d'attributs (soumise à variations), ces attributs forment, dans l'arbre de la vie, un continuum et ce que l'on observe est, comme cité plus haut, un instant T.

Le problème est que, pour préserver notre environnement, il faut bien faire rentrer ce continuum dans un minimum de cases ?

L'auteur dit :
Citation :
l'espèce est un rameau de l’arbre qui s’est suffisamment différencié pour qu’on ait envie de lui donner en nom"

Toutes nos discussions sont résumées dans cette phrase très pertinente. Il existe deux questions subsidiaires :
- sous quels critères doit-être considérée cette différenciation (typologique=phénétique ? phylogénétique ? biologique ?) ?
- qu'est-ce que signifie le mot "suffisamment" ?
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domichel

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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 12:57

Message transmis aux descripteurs.
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jft2607
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 13:51

adrien a écrit:
Lire l'article dans la revue Espèces qui vient de sortir en kiosque sur ce sujet !
Ca recoupe là plupart des interventions lues ici.

De qui es cet article?

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Jean-François
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BF73



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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 13:56

jft2607 a écrit:
adrien a écrit:
Lire l'article dans la revue Espèces qui vient de sortir en kiosque sur ce sujet !
Ca recoupe là plupart des interventions lues ici.

De qui es cet article?

pareil ? je suis allé voir leur site et je n'ai pas trouvé.
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Michel
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 13:58

Juste un aparté, dans la "macro espèce" umbilicata citée par HY, quelles espèces de France peut-on y mettre ou ne pas y mettre ?
Et les bertolonii on les range où ?
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gratien

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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 14:28

Michel a écrit:
Juste un aparté, dans la "macro espèce" umbilicata citée par HY, quelles espèces de France peut-on y mettre ou ne pas y mettre ?  
Et les bertolonii on les range où ?

Je ne veux pas me substituer à HY qui répondra sûrement plus en détail; mais le concept de "macro espèce" est de Devey, Bateman, et al (2008). Concernant la macro espèce "umbilicata", il n'y a aucun représentants en France. C'est un groupe d'espèces de Méditerranée. orientale. Quant aux "bertolonii" ils font partie de la macro espèce "sphegodes" qui en réalité est une "giga espèce" !
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BF73



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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 14:52

Au passage je vois pas trop où est le problème de parler de "macro-espèce", c'est un peu comme dire "agg." ou "s. lat"...
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jft2607
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 14:56

Pour ma part inclure bertolonii dans un groupe aranifera sl ne me choque pas du tout ....en Mars je croise souvent des plantes qui ont bcp de caractères de drumana...la première fois j'ai failli me laisser prendre ... tout comme on croise des plantes aux allures de splendida ou provincialis!!!!!! Au départ je pensais que c'était des plantes avec un potentiel génétique commun et dont parfois pour des raisons que je n'expliquais pas les gènes s'exprimaient différemment... les différents articles des anglais et de Yves m'ont permis de mieux cerner le phénomène même si je l'avoue il reste pour moi des points à clarifier ..au niveau des hybrides par exemple!

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Jean-François
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Zinb

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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 16:32

BF73 a écrit:
Au passage je vois pas trop où est le problème de parler de "macro-espèce", c'est un peu comme dire "agg." ou "s. lat"...

Cela ne me gêne pas que l'on parle de macro-espèces. Ce qui me gêne, c'est que l'on prétende que la génétique peut permettre de dire ce qui est une espèce et ce qui n'en est pas, alors que l'on n'est pas capable de définir ce qu'est une espèce (en général, et chez les Ophrys en particulier), ce qui est d'ailleurs normal car une espèce n'existe pas en soi.
J'entends bien que Devey regroupe les Ophrys en 9 ou 10 groupes, qu'il nomme macro-espèces, et que les données actuelles issues de la génétique regroupent les Ophrys en ces mêmes groupes, sans être capable de distinguer les taxons (nommés micro-espèces) situés à l'intérieur de ces groupes.
Cela m'inspire les choses suivantes :

1. La génétique (actuelle) n'est pertinente pour discriminer les Ophrys qu'au niveau de la macro-espèce. Cela ne nous dit pas si ce pseudo-rang de macro-espèce doit être appelé espèce, ou sous-genre, ou section, ou sous-section, ou série, ou sous-série, qui sont tous des rangs valides. (C'est bel et bien une histoire de curseur.)

2. Par ailleurs, si je ne me trompe pas (mais je me trompe peut-être, merci donc de corriger si besoin !), ces analyses génétiques ne portent pas sur la totalité du génome ?
Est-il absolument exclu qu'à l'avenir la génétique ne soit à même de discriminer les taxons d'Ophrys à un niveau plus bas ("micro-espèce" par exemple), en se basant sur une analyse de parties différentes du génome ?
L'espèce est-elle in fine définie comme étant l'unité phylogénétique qui correspond au "pouvoir de résolution" des techniques d'analyse génétique disponibles à une date donnée ?

3. Enfin, quand on remplace la notion d'espèce par les notions de "macro-espèces"/"micro-espèces", comment nommer tous ces taxons, concrètement ? La nomenclature binomiale ne reconnait pas ces macro/micro-espèces.
J'ai le sentiment que les descripteurs utilisent parfois "à défaut" le rang spécifique pour décrire les nouveaux taxons, parce qu'ils se disent que de toute façon, quel que soit le choix retenu, ce choix ne fera pas l'unanimité et il y aura toujours des gens qui y trouveront quelque chose à redire, donc autant décrire au rang d'espèce (pour économiser les caractères typographiques  Very Happy) et après chacun peut réorganiser l'épithète comme il le souhaite : garder en espèce, renommer en sous-espèce, variété, etc.
Le rang de sous-espèce me gêne toujours un peu, car on a l'impression que la sous-espèce type a un statut différent des autres sous-espèces (on peut avoir l'impression qu'elle a plus d'importance que les autres sous-espèces, ou qu'elle serait en fait une espèce dont toutes les autres sous-espèces descendraient), alors que c'est simplement la première à avoir été décrite.
Décrire les taxons qui bénéficient d'un minimum d'isolement reproductif au rang spécifique par défaut me convient bien, quitte à regrouper ensuite en séries ou sections.
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BF73



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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 17:39

Merci pour ton analyse Zinb.

Je n'ai pas trop lu les travaux de Devey et cie sur les ophrys. D'une manière générale, les conclusions des généticiens sont plutôt de dire : "Notre méthode d'analyse et notre échantillonnage suggèrent que tel ou tel taxon est à considérer comme une espèce, une sous-espèce, une variété, de la simple variation" etc.
De plus, il ne faut pas confondre un résultat et l'interprétation de résultat, c'est pourquoi il y a normalement une partie "matériel et méthodes" décrivant leur travail. C'est là que je bute un peu car je ne suis pas généticiens et ne comprends pas toujours bien ce qu'ils analysent.

Pour les raisons que tu évoques (échantillonnage et méthode d'analyse) il est difficile de prétendre savoir ce qu'est une espèce. Si des auteurs raisonnent de la façon que tu dénonces tu as effectivement de quoi douter de leur sérieux, pourrais-tu me donner un exemple de ce genre de travail ?

Pour les autres éléments de ta réponse je me cites :

Citation :
L'auteur dit :
Citation :
l'espèce est un rameau de l’arbre qui s’est suffisamment différencié pour qu’on ait envie de lui donner en nom"

Toutes nos discussions sont résumées dans cette phrase très pertinente. Il existe deux questions subsidiaires :
- sous quels critères doit-être considérée cette différenciation (typologique=phénétique ? phylogénétique ? biologique ?) ?
- qu'est-ce que signifie le mot "suffisamment" ?

Finalement que l'on parle de genre, de section, d'espèce, de variété ou de forme (sous parler de sous-), le problème est sensiblement le même. Pour moi, deux possibles solutions sont :
- de trouver une conception qui limite au maximum ce genre de subdivisions. Le travail des Devillers (espèce phylogénétique) à mon avis répond assez bien à ce problème, c'est pourquoi je le cite régulièrement. Il ne répond pas à tout, notamment dans le cas des complexes polyploïdes/hybrides/apomictiques mais donne de bons éléments.

Références :
Citation :
Devillers, P. & Devillers-Terschuren, J. 2013.- Orchidées et concepts modernes de l’espèce. Natural. belges 94 (Orchid. 26): 61-74.

C'est bien ce que à quoi tend aussi "Flora Gallica" où les auteurs abandonnent progressivement les var. et f. au profit d'un duo "sp. - subsp".

- de se poser un maximum de questions pour pouvoir "juger" du statut taxinomique d'une entité, par la recherche d'un maximum d'éléments diagnostiques (morphologie, écologie, phénologie, chimie, génétique, isolement etc.). C'est bien ce que dit Bateman (2012) comme les Devillers.

Je crois que c'est sous cet aspect que les auteurs européens font défaut (y-compris moi dans l'Orchidophile, n°205), cf. mon premier post dans le sujet :

Citation :
Non il n'y a absolument rien dans leur article qui justifie ce rang dans la mesure où les auteurs n'ont pas préciser ce qu'ils entendent par ce mot.

Ils ont +/- montré qu'il y a un ophrys un peu différent dans le secteur et on choisi, par un jugement purement arbitraire, de le considérer comme une espèce distincte, ce n'est pas plus compliqué que ça.

En 2017 je crois qu'il existe d'autres moyens que l'observation de critères diagnostics pour justifier le rang d'espèce, comme la génétique etc., la notion d'espèce phénétique (ou, plutôt, typologique) est aujourd'hui révolue.

Pour le commentaire 3, laisse-moi te citer mon second message :

Citation :
L'impact de l'être humain sur notre environnement est tel que nous nous devons de préserver la biodiversité et les ressources naturelles, au minima dans un bon état de conservation. L'intérêt est simple, l'espèce humaine interagit avec son environnement et en dépend, même si ce n'est pas très flagrant avec ces ophrys (quoique la pollinisation des fleurs par les insectes est pour le moins essentielle, cf. les abeilles en Chine).

Dans cette démarche, la première étape est forcément améliorer les connaissances sur ce que nous devons préserver, tu ne crois pas ? Wink

Peut-être que finalement que l'on parle d'espèce, de subsp., de var. ou de "macro-micro espèce", d'un point de vue de connaissance, à la condition que l'on parle bien de rameaux de l’arbre qui s’est suffisamment différencié pour qu’on ait envie de lui donner un nom, peut-être que le rang taxinomique n'est pas le plus important ?

Et tu vois au final ta dernière phrase mentionne bien ce que tu considères comme étant le critère de différenciation d'une espèce (espèce biologique).
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jft2607
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 17:50

Si tu lis bien les études je crois que tous les chercheurs sont unanimes pour dire qu'il est pour le moment impossible de dire avec certitude ce qu'est une espèce végétale et que d'autre part il sera sans doute possible d'aller plus loin ds la reconnaissance des taxons!!! quand on pourra séquencer davantage.
ceci dit et la dessus je suis entièrement en phase avec toi ...sur ces points! peut on vraiment passer de ces quelques espèces (moi j'aime pas macroespèces...ou il s'agit d'espèces ou je ne sais pas ce que c'est!!!) à plus de 250..... !
Quand comme moi on passe son temps sur un terrain restreint que l'on finit par très bien connaître on peut affirmer sans étude génétique que par exemple toutes les espèces de fuci de mon secteur décrite n'en sont pas avec une certitude quasi absolue , alors qd la génétique vient conforter les observations de terrain faut il encore se poser des questions?

Après je n'ai rien contre l'analyse morphologique .....à condition qu'elle soit efficace...en botanique j'utilise beaucoup les flores (je ne peux trimbaler un labo sur le terrain....) quand j'attaque une plante que je ne connais pas (et elles sont nombreuses) je décline la clé et in fine j'arrive à un taxon (esp, subsp, var...) si je me balade ds mon coin je trouve un ophrys je prends une flore pour les orchidées ..... et 2 fois sur trois j'arrive à une impasse c'est ça ou peut etre ça, voire ça.....
Alors comme je fais bcp de vulgarisation avec des débutants je réduis au maximum le nombre d'espèces...c'est mon choix ok mais j'assume
Après ok pour réfléchir a des déclinaisons ..... bien entendu je sépare drumana d'araneola par exemple  Very Happy

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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Mar 7 Mar 2017 - 18:18

Pour la définition d'espèce c'est un début de réponse qui me séduit :
jft a écrit:
je trouve un ophrys je prends une flore pour les orchidées ..... et 2 fois sur trois j'arrive à une impasse
Quand statistiquement des observateurs réussissent à identifier un taxon avec un bouquin c'est peut-être que "c'est suffisamment différencié pour qu’on puisse lui donner un nom" ?

A l'inverse, si il faut préciser la date et le lieu (hormis pour des raisons évidentes de climat ou de nature du sol), et qu'on se gratte le menton sans pouvoir décider majoritairement, c'est qu'on est en présence d'un écotype ou d'un concept flou ... et pas vraiment une espèce ?

En clair, je pense que la notion d'espèce est davantage à définir dans le cerveau des hommes, en tenant compte de sa logique, plutôt que sur des critères qu'on voudrait objectifs et universels sur l'ensemble du vivant ...
Si on déplace le débat, on peut tomber sur un peu plus de consensus, non ?

Apres il me parait évident que la génétique pourra "corriger" ces approximations dans beaucoup cas
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Ven 10 Mar 2017 - 18:06

Excellent débat, très enrichissant, qui montre que nous avons trop peu de données génétiques pout tout bien classer. On fait donc avec des données incomplètes parfois, mais également avec des données montrant que certains Ophrys peuvent posséder plusieurs types de séquences pour un gène donné (ITS)., mzais cela nous aide également à les classer.

HY
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Ven 1 Déc 2017 - 19:18

En attendant le séquençage de tout le génome, une grande avancée que nous permet la biologie moléculaire est le nouvel outil baptisé NGS (pour next generation sequencing). Pour faire simple, cet outil permet de séquencer de très nombreux fragments d'ADN (et non plus seulement une séquence ITS donnée). De ce fait il est possible de prendre en compte un très grand nombre de données.

A titre d'exemple, là ou une dizaine de différences peuvent être observées entre les membres de l'ensemble umbilicata pour leurs séquences ITS, la technique NGS permet d'en observer dix à vingt fois plus.
Cela va nécessairement donner bien plus de précision aux phylogénies et nécessairement les améliorer considérablement. Je n'ai pas la date de la publication concernant cette technique NGS appliquée aux Orchidées du genre Ophrys.
Attendons pour voir, et regardons ce qui va changer.

HY




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jft2607
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MessageSujet: Re: Description d'un nouvel Ophrys   Ven 1 Déc 2017 - 19:39

HY a écrit:
En attendant le séquençage de tout le génome, une grande avancée que nous permet la biologie moléculaire est le nouvel outil baptisé NGS (pour next generation sequencing). Pour faire simple, cet outil permet de séquencer de très nombreux fragments d'ADN (et non plus seulement une séquence ITS donnée). De ce fait il est possible de prendre en compte un très grand nombre de données.

A titre d'exemple, là ou une dizaine de différences peuvent être observées entre les membres de l'ensemble umbilicata pour leurs séquences ITS, la technique NGS permet d'en observer dix à vingt fois plus.
Cela va nécessairement donner bien plus de précision aux phylogénies et nécessairement les améliorer considérablement. Je n'ai pas la date de la publication concernant cette technique NGS appliquée aux Orchidées du genre Ophrys.
Attendons pour voir, et regardons ce qui va changer.

HY





c'est une belle avancée..on compte sur toi!!

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