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Répartition de scolopax

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Répartition de scolopax  - Page 2 Empty Re: Répartition de scolopax

Ven 31 Mai 2019 - 20:19
MusashiChan a écrit:J'ai bien relu vos interventions et été chercher les définitions qui viennent du domaine de la taxinomie.

- en effet on est pas avancés étant donné qu'il existe plusieurs définitions et plusieurs approches taxonomiques différentes. Sachant que les scientifiques censés être spécialisés dans le classement de nos bêtes et plantes ne sont eux même pas d'accord et que les approches Linnéenne, classiques ne fonctionnent plus notamment avec les orchidées ; il faut bien inventer ou choisir une des nouvelles voies proposées.

- vue cette problématique de classement non défini, rien ne me semble juste ou non...j'ai compris qu'il y avait les séparatistes et les unionistes en gros...de mon point de vue de débutant cherchant à creuser (et à mon stade de réflexion/recherche) : les deux sont juste ET faux à la fois selon les critères auxquels ont apporte de l'importance.

- d'un point de vue débutant, il est par contre je pense très problématique d'aborder la chose à la manière Delforgienne, en multipliant les taxons, notamment sur des individus qui génétiquement sont quasi superposables...(comme bien résumé dans la synthèse de l'étude Ophrys). L'exemple de demangei et fuciflora de BF73 est aussi frappant...on apprend à un débutant qu'il existe et qu'il faut chercher moulte subsp alors que leur existence n'est pas formellement prouvée et que les chercher n'a pas d’intérêt autre que découvrir la variabilité d'un taxon.

Je m’arrête là pour l'instant dite moi si j'ai déjà dit de grosses bêtises...

Une bonne synthèse du problème.

Quelques remarques :

1) pour aboutir à quelque-chose de robuste il faut bien connaître les variations de telle ou telle "espèce" sur l'ensemble de son aire, souvent, les "spécialistes", quelque-soit leur niveau, se basent sur ce qu'ils ont sous les yeux, sur une partie de l'aire de l'espèce sans forcément connaître ce qu'il pousse à quelques centaines de kms de là. Les exemples sont légions sur le forum.

2) même des études poussées (génétique, morphologie etc.) sont à prendre avec des pincettes : le résultat dépend (au moins partiellement) de l’échantillonnage.

3) d'un point de vue conservation et protection, je ne crois pas que ça sert à quelque chose de décrire des tas d'espèces qui seront listées "DD" (à données insuffisantes) par l'UICN, du fait qu'elles ne sont pas clairement identifiables ou comprises, par des débutants comme par des botanistes plus confirmés.
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Ven 31 Mai 2019 - 20:22
Philippe a écrit:c'est bien les gens qui comprennent vite
C'est ironique Smile? Sinon a part les publis citees dans l'étude ophrys, vous avez des conseils de publication a lire concernant notamment la taxinomie ciblee ophrys ?




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Ven 31 Mai 2019 - 20:23
BF73 a écrit:

1) pour aboutir à quelque-chose de robuste il faut bien connaître les variations de telle ou telle "espèce" sur l'ensemble de son aire, souvent, les "spécialistes", quelque-soit leur niveau, se basent sur ce qu'ils ont sous les yeux, sur une partie de l'aire de l'espèce sans forcément connaître ce qu'il pousse à quelques centaines de kms de là. Les exemples sont légions sur le forum..

cheers cheers cheers tu vois, on est d'accord parfois

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Ven 31 Mai 2019 - 20:23
MusashiChan a écrit:
Philippe a écrit:c'est bien les gens qui comprennent vite
C'est ironique Smile?

absolument pas (pour une fois que je suis sérieux !)

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Ven 31 Mai 2019 - 23:04
juste une remarque félix on pouvait comme tu le dis penser que les résultats des analyses  génétiques pouvait varier en fonction de l'échantillonage choisi (c'est d'ailleurs ce qui fait que ds ses premieres études Bateman avait séparé scolopax et fuci bien qu'il les pensait regroupés car il savait que ce reproche lui serait fait je pense...)mais les techniques nouvelles dont yves nous a parler ont levé cette incertitude et maintenant on a des resultats qui semblent bien indiscutables même si certains se voilent la face!

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Sam 1 Juin 2019 - 8:54
jft2607 a écrit:juste une remarque félix on pouvait comme tu le dis penser que les résultats des analyses  génétiques pouvait varier en fonction de l'échantillonage choisi (c'est d'ailleurs ce qui fait que ds ses premieres études Bateman avait séparé scolopax et fuci bien qu'il les pensait regroupés car il savait que ce reproche lui serait fait je pense...)mais les techniques nouvelles dont yves nous a parler ont levé cette incertitude et maintenant on a des resultats qui semblent bien indiscutables même si certains se voilent la face!

de wikipédia : "échantillon ou specimen : quantité limitée d’un ensemble qui est utilisée pour représenter et étudier les propriétés de cet ensemble"

Un échantillonnage tel que proposé par Bateman et al. 2018 dans l'article mis en lien sur le forum compare un fuciflora de Croatie avec un scolopax d'Espagne. En principe pour moi il permet de dire : la population A échantillonnée à tel endroit est distincte ou non, à divers égards, d'une population B, échantillonnée à tel endroit. Je ne crois pas que ça permette de dire "tous les fuciflora sur l'ensemble de leur aire sont identiques (ou l'inverse) à tous les scolopax sur l'ensemble de leur aire".

On sait très bien que l'absence de différences morphologiques peut parfois masquer d'importantes différences génétiques, pouvant par exemple s'expliquer par le morcellement de l'aire d'une espèce, ou au contraire constater aucune différence génétique malgré une grande différence morphologique, par exemple sur une aire plus continue.

Je ne suis pas certain qu'une étude basée sur 9 échantillons du groupe "fucipax" sur l'ensemble de son aire soit suffisamment représentative pour comprendre l'évolution du groupe et aboutir à un traitement taxonomique du groupe robuste et fonctionnel... (cf. ma remarque 1) pourtant c'est ça que l'on souhaiterai.  Wink espérons que ça sera la prochaine étape.

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Sam 1 Juin 2019 - 9:25
J'ajoute une chose qui me gêne un peu. Une espèce est décrite à partir d'un type (holotype etc - si vous voulez plus de détails c'est là et appliqué aux animaux ) celui ci vient d'une localité type. Donc pour comparer une espèce X avec une espèce Y il faut comparer les types et non pas des sujets pris ailleurs. Les types sont là pour ça, ce sont les mètre-étalon de l'espèce.

Comparer des espèces à partir de localisations autres que celles des types est, à mon sens, une erreur monumentale et source d'interprétations totalement erronées.

Pour en revenir à l'exemple de Félix si scolopax a bien été décrit d'Espagne, fuci n'a pas été décrit de Croatie mais d'Angleterre si je ne me plante pas. Pas tout à fait pareil !!!!

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Sam 1 Juin 2019 - 13:48
Philippe a écrit:J'ajoute une chose qui me gêne un peu. Une espèce est décrite à partir d'un type (holotype etc - si vous voulez plus de détails c'est là et appliqué aux animaux ) celui ci vient d'une localité type. Donc pour comparer une espèce X avec une espèce Y il faut comparer les types et non pas des sujets pris ailleurs. Les types sont là pour ça, ce sont les mètre-étalon de l'espèce.

Comparer des espèces à partir de localisations autres que celles des types est, à mon sens, une erreur monumentale et source d'interprétations totalement erronées.

Pour en revenir à l'exemple de Félix si scolopax a bien été décrit d'Espagne, fuci n'a pas été décrit de Croatie mais d'Angleterre si je ne me plante pas. Pas tout à fait pareil !!!!

ben tu vois qu'on arrive même à être d'accord sur deux points sffler

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Sam 1 Juin 2019 - 17:28
pour MusashiChan : lire absolument Bateman et al. 2018 (dans la biblio de Ophrys bbactif)

pour BF73 : en génétique humaine qui permet de définir des groupes ethniques on compare seulement les sujets, pas les types, et ça donne d'excellents résultats.

HY

A demain pour une critique du résumé FLORA GALLICA
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Dim 2 Juin 2019 - 7:11
HY a écrit:pour MusashiChan :  lire absolument Bateman et al. 2018 (dans la biblio de Ophrys bbactif)

pour BF73 : en génétique humaine qui permet de définir des groupes ethniques on compare seulement les sujets, pas les types, et ça donne d'excellents résultats.

HY

A demain pour une critique du résumé FLORA GALLICA

Et bien il y a comme un problème de taxinomie dans la biblio aussi...je ne trouve pas...désolé

J'ai fini par trouver...les articles ont l'air top, je me suis imprimé qq trucs de Bateman, Henry, un article sur les espèces etc.
Par contre à vue d'oeil...c'est très tendance regroupationniste (je sais plus comment vous dites...). Les autres doivent bien avoir des arguments et études et arguments quand même non ?
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Dim 2 Juin 2019 - 16:09
Bonjour MusashiChan, envoie moi ton adresse mail et je t'envoie le papier de Bateman et al. 2018

HY

Un détail, ce n'est pas une tendance regroupationniste, c'est un fait. Lorsque l'on dispose de 4500 nucléotides de l'ADN nucléaire, permettant de différencier les 30 taxons utilisés, l'arbre qui est bâti est celui des fig 2 et 3.
Il ne faut pas prêter des intentions aux scientifiques, ils se contentent d'analyser les faits (ici une phylogénie). Notez que cette phylogénie n'est pas (comme celle de son article de 2008) basée sur un seul "gène" (ITS), amis sur tout le génome. Ca évite par exemple pour l'ITS d'aveyronensis, de classer aveyronensis dans les fuciflora/scolopax, alors qu'aveyronensis est en fait un Ophrys de l'ensemble sphegodes.

amitiés,

HY
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Dim 2 Juin 2019 - 16:27
Il y a dans le texte FLORA GALLICA quelques points qui méritent une analyse critique un peu sévère :
- la référence permanent à la spécificité des pollinisateurs est une incongruité au regard de l'ouvrage magnifique de J. Claessens et J. Kleynen. D'ailleurs le nombre incroyable d'hybrides observés dans le genre Ophrys montre que ces pollinisateurs pas spécifiques du tout (ou si peu) se trompent très souvent....
- Les phylogénies sont comme le reste de la science, elles évoluent pour devenir de plus en plus performantes, donc de plus en plus proches de la réalité.
- Comment raisonner en termes d'espèces, alors que l'espèce est seulement un concept, alors que le binôme genre-espèce de Linné doit faire face à une évolution réticulée ????
- Enfin, comment peut-on en 2019 ne pas exclure radicalement tout raisonnemernt basé sur 250 à 400 espèces d'Ophrys.. ça me laisse totalement désemparé.

- la phrase.......vu l'évolution réticulée, les données génétiques sont à prendre avec des pincettes m'a également beaucoup surpris.
- les scientifiques spécialisés dans la classification ne sont pas d'accord : il est normal que la classification de Linné ait été revue et corrigée, et il est également normal que les scientifiques discutent les faits, heureusement.
- Je sursaute aussi lorsque je lis :"même les études poussées sont à prendre avec des pincettes".

Je n'en dirais pas plus, mais c'est déjà trop.

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Dim 2 Juin 2019 - 18:01
HY a écrit:, alors qu'aveyronensis est en fait un Ophrys de l'ensemble sphegodes.

HY


Tiens donc ! Ça me plaît. Non pas que aveyronnensis ne soit pas un fucipax mais qu’il fasse partie de L’ENSEMBLE Aranifera.
Juste une question de vocabulaire mais c’est hyper important
Je n’en dirai pas plus

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Dim 2 Juin 2019 - 20:44
Dans la biblio j'ai un Bateman 2017, c'est lui ? Dans tous les cas j'envoie mon mail en privé, merci !!!et depuis mon post j'ai trouvé pas mal d'articles, je ne comprends pas comment après avoir lu ça on peut encore soutenir certains choix des 30 dernières années....


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Ven 7 Juin 2019 - 8:04
HY a écrit:pour BF73 : en génétique humaine qui permet de définir des groupes ethniques on compare seulement les sujets, pas les types, et ça donne d'excellents résultats.

En principe il n'y a qu'un seul spécimen type d'Homo sapiens, il n'est pas encore désigné (peut-être tant mieux). Plus sérieusement, le message de Philippe est à relire, je crois pas que l'on parle de la même chose.

HY a écrit:Il y a dans le texte FLORA GALLICA quelques points qui méritent une analyse critique un peu sévère :
- la référence permanent à la spécificité des pollinisateurs est une incongruité au regard de l'ouvrage magnifique de J. Claessens et J. Kleynen. D'ailleurs le nombre incroyable d'hybrides observés dans le genre Ophrys montre que ces pollinisateurs pas spécifiques du tout (ou si peu) se trompent très souvent....
- Les phylogénies sont comme le reste de la science, elles évoluent pour devenir de plus en plus performantes, donc de plus en plus proches de la réalité.
- Comment raisonner en termes d'espèces, alors que l'espèce est seulement un concept, alors que le binôme genre-espèce de Linné doit faire face à une évolution réticulée ????
- Enfin, comment peut-on en 2019 ne pas exclure radicalement tout raisonnemernt basé sur 250 à 400 espèces d'Ophrys.. ça me laisse totalement désemparé.

- la phrase.......vu l'évolution réticulée, les données génétiques sont à prendre avec des pincettes m'a également beaucoup surpris.
- les scientifiques spécialisés dans la classification ne sont pas d'accord : il est normal que la classification de Linné ait été revue et corrigée, et il est également normal que les scientifiques discutent les faits, heureusement.
- Je sursaute aussi lorsque je lis :"même les études poussées sont à prendre avec des pincettes".

Je n'en dirais pas plus, mais c'est déjà trop.

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Dans le cas des hybrides d'ophrys, je pense aussi que les bipèdes se trompent en "gaspillant" des pollinies... surtout quand il s'agit d'espèces protégées. Mais le doute reste permis, c'est peut-être pour ça qu'Homo sapiens n'est pas cité comme pollinisateur dans le livre ?

Concernant les données génétiques, je crois qu'ils ont raison, c'est un peu gênant de transformer un arbre phylogénétique en unités systématiques à partir d'entités résultant d'hybridations.

Plus sérieusement, je crois que les points que tu critiques et les positions prises dans le bouquin sont tout de même assez bien justifiés. Après c'est un autre débat, on est d'accord ou pas, il y a tout de même des trucs qui me chiffonne dans ce livre aussi.

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Ven 7 Juin 2019 - 9:39
BF73 a écrit:Dans le cas des hybrides d'ophrys, je pense aussi que les bipèdes se trompent en "gaspillant" des pollinies... surtout quand il s'agit d'espèces protégées. Mais le doute reste permis, c'est peut-être pour ça qu'Homo sapiens n'est pas cité comme pollinisateur dans le livre ?
1) En regard de ce que nous propose la Nature, c'est vraiment un épiphénomène... Il suffit de se balader dans les Pouilles, le Gargano, la Sardaigne, la Sicile...(et j'en passe !) pour se rendre compte que dès que la population d'Ophrys est importante, elle s'hybride en tous sens !!!
2) La notion d'"espèce protégée" (concernant les orchidées) reste pour moi quelque chose de nébuleux !!! Qui décide ? Comment ? Pourquoi ?
Même si l'idée de faire en sorte que les "espèces protégés" perdurent pour les générations à venir, est plutôt bonne, l'histoire de la biologie, est remplie de plantes ou d'animaux disparus par la simple sélection naturelle, sans que l'homo sapiens y ait mis son nez.

BF73 a écrit:Concernant les données génétiques, je crois qu'ils ont raison, c'est un peu gênant de transformer un arbre phylogénétique en unités systématiques à partir d'entités résultant d'hybridations.
Ca n'a pas de sens, parce que l'arbre phylogénique existant est déjà constitué d'espèces bien souvent issues d'introgressions...
Donc mettre de côté ce qui est hybridogène c'est sans doute couper une bonne partie de l'arbre

Ce qui gène Yves, c'est que les botanistes actuels semblent réticents à revoir leur copie au regard des faits scientifiques actuels (données même partielles de la génétique), parce qu'ils se rendent compte qu'elle chamboule le dogme...

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Ven 7 Juin 2019 - 12:14
GL a écrit:
Ce qui gène Yves, c'est que les botanistes actuels semblent réticents à revoir leur copie au regard des faits scientifiques actuels (données même partielles de la génétique), parce qu'ils se rendent compte qu'elle chamboule le dogme...

Relire l'article sur la notion d'espèces proposé par JF...on est entre phylosophie, religion et science. Dans tous les cas dans une période de changement qui fait perdre les repères aux gens, même les plus carrés et cultivés.
La il faut relire Sapiens de Harari....l'homme ne peut pas changer d'histoire sans résistance ; nous sommes construit comme ça. Ce sont les mêmes mécanismes que l'on étudie pour comprendre pourquoi les gens ne bougent pas face à la crise climatique et de la biodiversité.

Il y a ceux qui voudront et seront capable de changer de récit et les autres ; la cohabitation de toutes façons va être assez courte.
L'une des principale leçon qui en ressort est de toute façon de "ne pas essayer de convaincre mais de montrer l'exemple" (vous savez qui...)
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Ven 7 Juin 2019 - 14:28
Il y a ceux qui voudront et seront capable de changer de récit et les autres ; la cohabitation de toutes façons va être assez courte.
L'une des principale leçon qui en ressort est de toute façon de "ne pas essayer de convaincre mais de montrer l'exemple" (vous savez qui...)
La citation exacte est :
L’exemple n’est pas le meilleur moyen de convaincre, c’est le seul.
Gandhi

GL a écrit:Ce qui gène Yves, c'est que les botanistes actuels semblent réticents à revoir leur copie au regard des faits scientifiques actuels (données même partielles de la génétique), parce qu'ils se rendent compte qu'elle chamboule le dogme...
Je crains fort que le dogme passe après l'ego.

En clair revoir leur copie c'est "démolir leur piédestal" voilà ce que je ressens.
Comme le dit si bien ce mot, les "pontificateurs" y prennent leur pied... dans leurs convictions !  Twisted Evil
Ils craignent vraiment ... de "perdre pied" et que leurs publications rejoignent les nombreuses qui sont au rebut.
Ne te décourages pas Yves.  Wink

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Ven 7 Juin 2019 - 15:00
ClaudeVincent a écrit:
La citation exacte est :
L’exemple n’est pas le meilleur moyen de convaincre, c’est le seul.
Gandhi

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C'est moi qui ai tenté de lancer ce symbole du Ruban Vert....on s'accroche....
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