Le no 46/2 du Journal Europäischer Orchideen

Le no 46/2 du Journal Europäischer Orchideen vient de sortir avec, et c'est assez rare, un article en français de Yves Henry ayant pour titre " Radiation évolutive chet les Angiospermes".

Tout un programme...

A bientôt

Bifolia

Oui, j'ai vu le JEO à la SFO, mais pour comprendre l'article il me faudrait une traduction, ou une version "pour les nuls"

Et les experts du forum ?

Le titre complet est : Radiation évolutive chez les Angiospermes (notamment chez les Orchidaceae).

Pour résumer, cet article applique aux Orchidaceae les règles de base qui prévalent à l'évolution des Angiospermes :
- très nombreuses polyploïdisations, qui sont la source des copies de gènes indispensables pour la mise en place de nouveaux taxons.
- après chaque polyploïdisation surviennent plusieurs types d’événements. En premier lieu le devenir des gènes dupliqués est variable (éliminés ou conservés). En deuxième lieu, les gènes dupliqués conservés auront différents futurs, certains conservent la fonction originelle quasi identique, mais une divergence fonctionnelle intervient le plus souvent. En troisième lieu, le génome n’est pas une entité stable, car chaque polyploïdisation est suivie de réorganisations génomiques (réarrangements chromosomiques), avec comme conséquence, dans pas mal de cas, une modification du nombre de chromosomes.
Les radiations évolutives sont précédées d’événements de polyploïdisation.
Deux types de mécanismes fréquents chez les Angiospermes: la spéciation hybride homoploïde (sans changement de la ploïdie) et la plus fréquente spéciation après allo- (ou auto-) polyploïdisation. Le principe, en apparence simpliste de l’allopolyploïdisation: AA × BB donne AABB, se révèle en fait beaucoup plus complexe, avec notamment plusieurs origines indépendantes, un brassage des gènes entre ces diverses origines, des remaniements chromosomiques, l’extinction et le « rallumage » de gènes chez les allopolyploïdes.
Une problématique récurrente chez pas mal d’Orchidées européennes, est que l’on rencontre dans plusieurs genres européens des entités identifiables par leur morphologie, mais très proches dans les séquences ADN actuellement disponibles. Puisque ces séquences ADN ne sont pas discriminantes, quelle(s) explication(s) donner au différences morphologiques ? Cet article propose deux types de mécanismes. Depuis assez longtemps, le postulat était que les principales sources de variabilité génétique consistaient en variations de l’ADN résultant soit de polymorphisme nucléotidique (ou SNP pour Single Nucleotide Polymorphism), soit d’insertions-délétions (ou indels pour insertion-délétion) de très courtes séquences. Nous savons désormais depuis une bonne dizaine d’années, que deux autres sources de variabilité génétique doivent été prises en compte: les variations du nombre de copies de séquences ADN - pouvant inclure des gènes - (ou CNV pour copy number variation) sources de variabilité dans la structure des génomes, et l'épigénétique, source de variabilité dans l’expression du génome. Il faut noter que, de façon très intéressante, ces deux sources de variabilité génétique sont sensibles à l’environnement.

Vous verrez en lisant que ce qui est vrai chez les Angiospermes, se retrouve parfaitement chez les Orchidaceae. Très honnêtement, à l'exception de CNVs et épigénétique, il n'y a rien de très complexe.

Je suis à votre disposition si vous avez des questions ou des améliorations à proposer.

HY

Merci pour ce résumé pédagogique sur un sujet pointu et que je vais lire consciencieusement, évidemment ce n'est pas facile pour moi. Philippe a eu la gentillesse de me nommer Orchid expert, mais je me sens un peu géné de ce "titre", ayant si peu de connaissances et tellement de choses à apprendre !

Si en plus des experts, nous avons l'auteur de l'article de cette revue, nous sommes des plus gâtés sur ce forum consacré aux orchidées...

Bifolia

Merci Yves pour ce résumé.
Malheureusement, il ne peut que concerner que les ophrysiens abonnés au JEO...
Et il ne sont pas nombreux!
Suggestion: pourquoi ne pas mettre ton article en ligne sur ce site (via, par exemple un PDF)?
Je ne pense pas que le JEO (auquel j'ai déjà fourni des articles) te l'interdise?

Amicalement,

Olivier

Yves pour cet très intéressant résumé de ton article.

Du coup, je suis alléché, et comme je ne reçoit pas le JEO ... j'approuve Olivier des 2 mains !!!

pmb a écrit:Du coup, je suis alléché, et comme je ne reçoit pas le JEO ... j'approuve Olivier des 2 mains !!!

Sauf que l'article est protégé par un Copyright de l'AHO Baden-Württemberg et que l'on peut se procurer cette brochure pour quelques Euro...

Merci pour ces commentaires flatteurs, mais le mieux est de lire le papier d'abord.

A mon avis la meilleure solution est de faire parvenir le PDF individuellement aux personnes intéressées qui de fait s'engagent à ne pas l'envoyer à d'autres.

Envoyez moi vos mails, je ferais le nécessaire


HY

Le copyright ne concerne sans doute que la revue en entier.
Un auteur peut très bien faire circuler son article en le modifiant un peu (changer la présentation et ne pas utiliser le formatage et ne pas faire apparaître le logo de l'AHO Baden-Würtemberg)?
D'autant que nos articles ne sont pas "vendus" à la revue en question.

Olivier

Je ne partage pas les opinions de M. Gerbaud.
C'est à mon avis un manque de respect non seulement envers l'auteur mais un manque de respect envers Richard Lorenz et son équipe qui nous préparent année après année de jolies revues consacrées aux orchidées européennes.
C'est un manque de respect envers l'équipe du AHO qui ont corrigés et mis en page les quelques articles de cette revue et qui nous la mette à disposition pour quelques Euros.
C'est un manque de respect envers le travail cette équipe en faisant passer sous le manteau des copies de leur travail même pas quinze jours après la parution de cette revue.

Bonne fin de journée.

Bifolia

Il n'est pas question, ici, de distribuer largement des PDFs comme s'il s'agissait de tracts publicitaires. Par contre proposer la lecture de son article à 2 ou 3 personnes de son choix, est la pratique régulière usuelle dans le milieu scientifique auquel j'appartenais. C'est l'option qui me semble le mieux convenir dans le cas présent.

A titre d'illustration, j'ai pris beaucoup de plaisir, durant ma vie scientifique, à envoyer un PDF de chacun de mes articles (j'en ai écrit beaucoup) d'une part à un directeur de laboratoire en "remerciement" de son absence de soutien...., et d'autre part à un collègue (et néanmoins ami) gallois.

HY

Bifolia a écrit:Je ne partage pas les opinions de M. Gerbaud.
C'est à mon avis un manque de respect non seulement envers l'auteur mais un manque de respect envers Richard Lorenz et son équipe qui nous préparent année après année de jolies revues consacrées aux orchidées européennes.
C'est un manque de respect envers l'équipe du AHO qui ont corrigés et mis en page les quelques articles de cette revue et qui nous la mette à disposition pour quelques Euros.
C'est un manque de respect envers le travail cette équipe en faisant passer sous le manteau des copies de leur travail même pas quinze jours après la parution de cette revue.

Bonne fin de journée.

Bifolia

Et quand on ne parle pas allemand, est-ce que ça vaut le coup de s'abonner ?????

(Quand j'écris un article et qu'on me demande un pdf (ou avant un Tiré à Part) je le donne volontiers).

HY a écrit:Il n'est pas question, ici, de distribuer largement des PDFs comme s'il s'agissait de tracts publicitaires. Par contre proposer la lecture de son article à 2 ou 3 personnes de son choix, est la pratique régulière usuelle dans le milieu scientifique auquel j'appartenais.

pmb a écrit:Quand j'écris un article et qu'on me demande un  pdf (ou avant un Tiré à Part) je le donne volontiers.

Le proposer à 2-3 personnes ne me choque pas, mais c'est sa mise sur le Net qui me titille...

Bifolia

Pourtant on trouve régulièrement des articles de cette revue sur le net, mis à disposition par les auteurs eux-mêmes...

Absolument rien de choquant...

Un auteur est toujours propriétaire de ses textes sf s'il les vend et par contrat délégue son droit de propriété !

Si l'on donne un article gratuit pour une revue il est certes préférable de prévenir celui qui gère la revue par courtoisie !

Désolé Vincent!

Mais quelques euros, c'est pour lors 15 euros!
Certes l'article incriminé ici est long. Mais si tu en souhaites un de 5 pages, c'est 3 euros la page!
De plus, je persiste, un auteur reste, heureusement, libre de pouvoir jouir de ses travaux (tant qu'ils ne sont pas vendus) comme il lui semble?

Que notre bulletin régionale de la SFO Rhône-Alpes soit enfin disponible en PDF te choquerait?
Alors que je le fais suivre sans état d'âme à plusieurs amis, dont ton frère!


Il ne faut pas être hypocrite sur ce sujet;
(Comme d'ailleurs pour les CR de voyages ou sorties... à la vitesse à laquelle ils sont diffusés...).

Je respecte bien entendu ta probité et ton honnêteté, cher Vincent, (Bifolia si tu préfères), mais dans ce cadre, je ne pense pas qu'elles soient bafouées.

Sincères amitiés,

Olivier

Merci pour ce résumé. Étant généticien de formation (j'ai travaillé sur des rétrovirus porcins !) mais ayant rapidement bifurqué dans l'informatique, ces thèmes me ramènent en arrière avec une certaine nostalgie...
J'ai trouvé tes 2 dernières remarques super intéressantes, surtout l'argument du nombre de copies que je découvre ici. Je suis d'accord avec ta remarque sur l'epigenetisme. Je suis aussi intéressé par ton article.

J'ai bien lu l'article de HY dans ce JEO et l'origine des hybridations de nos espèces est superbement traitée. Par exemple l'origine hybridogène de D. majalis, D. traunsteineri avec comme parents D. fuchsii et D. incarnata.

Existe-il une liste pour nos orchidées les plus courantes permettant de voir l'origine hybridogène de ces espèces ?

MERCI

Bifolia