Le genre anacamptis subdivisé

J'aimerais avoir vos avis d'experts sur la pertinence des subdivisions du genre Anacamptis
est-ce que c'est confirmé par les analyses ADN ou autres ?

Delforges :

Anacamptis (pyramidalis)
Paludorchis
Herorchis (les morio)
Anteriorchis (coriophora)

Tu as des éléments de réponse ici :
http://sfo-normandie.fr/pdf/Orchis.pdf

Dont Philippe avait parlé il y a un cetain temps...

Pfff...hum, enfin, voyons le bon côté des choses, ça m'aura fait de la lecture en ce jour de pluie. Moi ce que j'en dis, c'est que quand quelqu'un veux me mettre dans une case, je prends un malin plaisir à en sortir, j'imagine que c'est la même chose pour les orchidées
A mon avis beaucoup d'espèces ne sont pas fixées, attendons un petit millénaire avant de reprendre les investigations...
Au passage, superbe résumé Philippe!

Philippe a écrit:https://ophrys.bbactif.com/t5266-anacamptis-herorchis-anteriorchis-ou-vermeulenia?highlight=vermeulenia#62710

Je ne l'avais pas trouvé pour le lien!

Je viens de relire en diagonale, Philippe une synthèse serait bien pertinente pour 7 pages de sujet
Je me suis un peu perdu en route, j'essaierai d'y retourner plus tard...

Tu voudrais me faire bosser ?

Au moins avec les noms vernaculaires ont est moins perdu, ça change pas tous les ans

Philippe a écrit:Tu voudrais me faire bosser ?

J'espérais un groupe de bonnes volontés
Pas toujours le même, bien que tu ais déclenché ce fleuve, pas tout seul en tout cas.

Mais après ces 7 pages, de discussions, j'ai ressenti que les choses avaient évoluées ? avec moins de complexité ?

ClaudeVincent a écrit:
Mais après ces 7 pages, de discussions, j'ai ressenti que les choses avaient évoluées ? avec moins de complexité ?

Je ne crois pas !
On "oublie" simplement les nouveautés pour se contenter de ce dont on a l'habitude depuis des décennies.

Pour ma part, je reste (et de plus en plus) persuadé que Orchis sera divisé en Orchis et Androrchis et que Neotinea sera diviseé en Neotinea et Odontorchis.
Pour les Anacamptis, c'est plus complexe, et plus difficile à accepter en raison des hybridations mais là-dessus aussi j'ai mon petit avis.

Merci pour ta réponse, qui est bien une synthèse dans ton style.
Et c'est déjà bien pour moi !

ClaudeVincent a écrit:Tu as des éléments de réponse ici :
http://sfo-normandie.fr/pdf/Orchis.pdf

Dont Philippe avait parlé il y a un cetain temps...

Merci pour le lien, super !

[quote="Philippe"]

ClaudeVincent a écrit:Pour ma part, je reste (et de plus en plus) persuadé que Orchis sera divisé en Orchis et Androrchis et que Neotinea sera diviseé en Neotinea et Odontorchis.
Pour les Anacamptis, c'est plus complexe, et plus difficile à accepter en raison des hybridations mais là-dessus aussi j'ai mon petit avis.

Je ne suis pas loin d'être de ton avis, ton article est bien synthétique. Pour Anacamptis, un seul genre ne me gène pas, le pyramidalis s'hybride quand même avec tous les autres "sous-genres" : coriophora, fragrans, laxiflora, morio, picta, palustris, papilionacea, sancta...

De toute façon, on empêchera jamais quelques hybrides intergénériques ici ou là, les Orchidées sont trop évolutives pour rester bien sagement dans des cases !!!

Prenons comme base la phylogénie publiée en 2012 par Inda LA, Pimentel M, Chase MW, (2012 Phylogenetics of tribe Orchideae (Orchidaceae: Orchidoideae) based on combined DNA matrices: inferences regarding timing of diversification and evolution of pollination syndromes. Annals of Botany 110: 71-90), combinant gènes nucléaires, chloroplastiques et mitochondriaux. On observe les Anacamptis frères des Serapias (séparation datée de 10-12 Millions d'années. Les Anacamptis se répartissent en trois sous ensembles :
- sancta, fragrans, collina et pyramidalis
- papilionacea (2n=32), champagneuxii, morio, boryi

- plus loin laxiflora, palustris
Des membres de ces trois clades s'hybrident avec des Serapias, et presque tous ces Anacamptis s'hybrident entre eux.

Pourquoi Herorchis .... puisque A morio est déjà au sein d'un groupe cohérent ?
Pourquoi Vermeulenia ...puisque A papilionacea est déjà au sein d'un groupe cohérent ?
Seul finalement Paludorchis (A. laxiflora) aurait une raison d'être car ce groupe est le plus éloigné des autres Anacamptis (même dans les phylogénies les plus anciennes), perso je n'y crois pas. Pourquoi d'ailleurs continuer d'ajouter -orchis partout, le genre Orchis étant relativement distant des Anacamptis (et ce quelles que soient les phylogénies).

Cette attitude de fragmentation des genres est très révélatrice de l’une des deux tendances actuelles : décrire un nombre sans cesse croissant d’espèces (ou plutôt des microtaxons) d’Orchidées surtout en Europe, qu’il s’avère souvent impossible de séparer des autres, même à l’aide des outils moléculaires. Une limite à cette croissance sans fin du nombre de taxons, est le fait que les excellentes et minutieuses observations permettent rarement de savoir s’il s’agit d’espèces, de sous-espèces, ou encore de la variation naturelle au sein d’un taxon.
La seconde tendance, par contre, regroupe dans un même genre des espèces parfois assez différentes morphologiquement (ou au niveau chromosomique). Cette tendance est plutôt celle de la phylogénie moléculaire. Cet outil dans un premier temps a permis de séparer l’anciennne espèce Orchis en Orchis, Neotinea et Anacamptis.
Pour ma part, il me semble utile que ces deux tendances coexistent, car s’il est impossible de se passer des observateurs attentifs pour suivre le devenir des taxons décrits et en détecter de nouveaux, il sera impossible également, dans un futur proche, de ne pas utiliser les puissants outils qu’a développé la biologie moléculaire, pour identifier la variabilité génétique intra-population, intra-espèce et inter-espèce et faire la part de ce qui résulte d’hybridations.
HY

Ca me rappelle une histoire de confiture

Bon, sans rire, il y a deux points dans ton message.

Le deuxième point abordé est celui des micro-taxa. Evidemment c'est un problème sur lequel on risque de se pencher longtemps et je ne suis pas persuadé qu'on en trouvera la solution.

Le premier problème abordé est celui des séparations génériques. Nous l'avons évoqué ici à de multiples reprises, tout cela n'est qu'une question d'avis personnel, chacun plaçant le curseur générique à l'endroit qui lui semble le plus approprié en fonction de ses convictions sur les théories évolutives.
Ce point est aussi la limite des théories du cladisme puisque un cladiste pur et dur ne pourra admettre que deux taxa sont distincts si issus d'ancêtres communs.

On a beaucoup trop tendance à ne voir que l'aspect actuel de la systématique (c'est à dire comme si les espèces étaient figées, définitivement) or il est évident que nous sommes toujours en phase évolutive, des taxa naissent et meurent depuis des millions d'années et donc certains taxa sont jeunes, en pleine phase évolutive, il est donc difficile, pour certains, d'admettre leur différence. Où et quand doit-on placer le curseur ??? telle est bien la question.

L'évolution ne se fait pas toujours à petits pas mais peut parfois être extrêmement rapide.Si je prends le cas du lac Victoria, extrêmement riche en espèces de poissons cichlidés (au moins avant la catastrophe écologique qui a débuté dans les années 80) on sait maintenant que ce lac immense était à sec et ne comptait que qques mares résiduelles il y a 12400 ans !!! Toutes les espèces ont donc évolué depuis. Encore mieux : on a quasiment la preuve que certaines espèces se sont déjà adaptées aux modifications environnementales durant ces 30 dernières années !

Dans le lac Tanganyika, on sait que certaines espèces présentant des formes chromatiques très localisées ont évolué en diverses couleurs depuis la fin du 19eme siècle, moment où le lac s'est ouvert vers le bassin du Congo via la Ruzizi, provoquant une soudaine baisse du niveau de l'eau et séparant des populations qui ont évolué indépendamment en moins de 100 ans.


Voilà qques pistes de réflexion.

Merci Philippe j'ai bien lu et, je crois, tout compris !

J'attends la suite, qu'elle soit aussi claire que les eaux des lacs précités...

Justement les eaux de ces lacs sont de moins en moins claires en raison notamment de l'activité humaine et de la déforestation, d'où une partie des "catastrophes écologiques" en cours.

ClaudeVincent a écrit:Merci Philippe j'ai bien lu et, je crois, tout compris !

J'attends la suite, qu'elle soit aussi claire que les eaux des lacs précités...

+1 pour le nettoyage cérébral Philippe

Bon, j’aime bien quand Philippe parle comme ça.

Oui le cladisme a des limites, il recherche l’ancêtre commun, sauf que chez beaucoup d’Angiospermes il n’y a pas un mais deux ancêtres communs, et ça les phylogénies ne peuvent le faire ressortir. Ca signifie que les phylogénies
1) ne détectent pas les espèces d'origine hybride
2) ne détectemt pas les espèces issues d’allopolyploïdisation (croisement avec doublement du nombre de chromosomes). Ce mécanisme est à l’origine du blé dur, du blé tendre, du mais, de l'avoine, de la canne à sucre, de la vigne, du café, de certains fraisiers, du tabac, du coton, du prunier, du colza, des agrumes, etc.... (en fait probablement de toutes les Eudicotylédones). Chez les Orchidées, par exemple Dactylorhiza pretermissa (4n=80) est un allotétraploîde de D. incarnata (n=4O) x D. saccifera (2n=40) (Devos et al. 2006). Or sur la phylogénie des Dactylorhiza, incarnata et saccifera sont très distants.


Chez les Serapias (que je prouve personnellement très beaux, enfin ceux que j'ai vus), une majorité d'espèces ont 2n=36 chromosomes, mais 3 (S. strictiiflora, lingua, et olbia) ont 4n=72, alors allotétraploïdes ou pas ??

HY

et... c'est quoi saccifera ??? un fuchsii corse or praetermissa ne descend pas aussi au Sud !!!!

donc est-on vraiment certain de parler des mêmes espèces ? du moins est-ce que les scientifiques savent s'ils étudient bien l'espèce qu'ils affublent du nom X ?


L'hybride incarnata X fuchsii c'est ça et ça n'a vraiment rien à voir avec praetermissa :
(Photo de Valérie)

Oui, je suis assez (euphémisme signifiant tout à fait) d'accord, mais puisque les trois espèces praetermissa, saccifera et incarnata sont séparées depuis 1 à 5 millions d'années, il est possible que saccifera et incarnata aient occupé (comme aujourdh'ui) des aires en partie communes, mais que l'allotétraploïde peu à peu se soit déplacé pour occuper une nouvelle aire plus au nord.

Pour répondre à ta remarque sur la certitude ou non d'utiliser l'espèce X ou Y, les séquences utilisées pour réaliser les phylogénies (ADN nucléaire et ADN chloroplastique dans l'article de Nicolas Devos, Olivier Raspé, Sang-Hun Oh, Daniel Tyteca, Anne-Laure Jacquemart de 2006) sont répertoriées dans des bases de données internationales après avoir été prélevées sur des individus confirmés. L'article montre ainsi que les séquences nucléaires de fuchsii et de saccifera sont différentes, que celles de incarnata et de saccifera sont très différentes . Il montre également que les séquences chloroplastiques de saccifera et paetermissa sont identiques suggérant ainsi qu'ils ont un même ancètre maternel.
HY

HY a écrit:après avoir été prélevées sur des individus confirmés.

confirmés par qui ?
On n'arrive déjà pas toujours à se mettre d'accord entre gens "spécialistes" qui conaissent bien les taxa alors si c'est par des scientifiques qui ne sortent pas de leur labo, je me bidonne.
La seule vraie comparaison devrait être faite par comparaison entre les sujets type et RIEN d'autre.

Pour se rapprocher de ces "sujets types", les auteurs de "The evolution of Dactylorhiza (Orchidaceae) allotetraploid complex: Insights from nrDNA sequences and cpDNA PCR-RFLP data. Nicolas Devos a,¤, Olivier Raspé b, Sang-Hun Oh c, Daniel Tyteca a, Anne-Laure Jacquemart a
a Biodiversity Research Center, Unité d’écologie et de Biogéographie, Université catholique de Louvain, Croix du Sud 4-5, B-1348 Louvain-la-Neuve, Belgium
b National Botanic Garden of Belgium, Domein van Bouchout, B-1860 Meise, Belgium
c Department of Biology, Duke University, 139 Biological Science, Durham, NC 27708-0338, USA)
prennent pusieurs échantillons comme référence : par exemple pour les "ITS/NTS"

pour D Fuchsii 11 accessions venant de Tienne St Inal Belgium, Baronville Belgium,
De Panne, Belgium, Kerseguenou France, Col du Granier France, Montpaon France, Bievres France, Biscia marsh Italy,

pour D incarnata 8 accessions venant de Platte de sous les Monts Belgium, Latour Belgium, Kerseguenou France, Col de Perjuret France, Biscia marsh Italy,

pour D saccifera 8 accessions venant de Venaco Corsica, Vizzavona Corsica, Zonza Corsica, along the N196 road Corsica, Val di Varri Italy

pour D praetermissa 3 accessions venant de Guisseny marsh France et Keremma France

C'est ce qui est fait dans la plupart des cas justement pour bien cerner le matériel utilisé. D'ailleurs le fait d'avoir des branches voisines dans leur phylogénie indique que ce qui a été utilisé est homogène (mais pas identique). C'est le cas dans cet article pour les matériels retenus comme saccifera.

Je n'aime pas trop l'idée des "sujets types" représentatifs. Il me semble que ce concept s'il peut être validé dans le cadre d'un ensemble autogame assez homogène est inutilisable lorsque l'on est en face de matériel végétal en cours de spéciation, de diversification ou d'origine hybride. Pour ces types de végétaux, et pour ceux d'une "espèce" très étalée géographiquement, il est nécessaire de revenir au niveau des populations. Aux généticiens de les caractériser (c'est beaucoup de boulot), ils ont les outils pour le faire et comparer les populations. L'idéal est alors d'avoir une très bonne connaissance du terrain, ce qui nécessite beaucoup de temps, plus un labo. Dans la majorité des cas, les équipes regroupent des spécialistes du terrain et du labo (ça n'est pas donné à tout le monde de pouvoir faire les deux à la fois).
Moi qui ai désormais plus de temps, j'aime bien que les spécialistes du terrain m'emmènent
(merci André), qu'ils m'indiquent des lieux ou aller prospecter. Les Orchidées c'est pas seulement les Phalaenopsis décoratifs ou les gros Cattleyas baveux, c'est une partie intéressante de la flore française, même dans la région parisienne.
HY