Forum sur les orchidées sauvages de France et d'Europe
 
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 Qu'en pensez vous

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gilles
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyMer 17 Avr 2019 - 18:27

HY a écrit:
Moi non plus je ne suis pas convaincu par un apport insectifera (devrait avoir des pétales colorés). Sauf qu'il peut s'agir d'un back-cross ou d'une autofécondation.

HY

HY a écrit:
La plupart des photos d'hybrides avec insectifera montrent des pétales plus fins, souvent colorés (même parfois légèrement) mais pas en jaune, le plus souvent pas avec des bords ondulés. Les yeux verts confirment un parent de la mouvance sphegodes.

difficile

HY


voici tout le contraire   petales non colores  et petales pas fins du tout  + bords  ondules   scratch  scratch  
  ARANEOLA X INSECTIFERA  SAVOYARD

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gilles
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Bifolia

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyMer 17 Avr 2019 - 21:21

A ce sujet passionnant (semaine de Pâques oblige sffler sffler sffler ), j'aimerais si vous le permettez apporter encore un point qui me semble important pour toutes hybridations sans attaquer les personnes aux avis différents.

Tous les hybrides entre deux mêmes espèces d'orchidées ne sont pas semblables. Souvent nous trouvons des hybrides qui sont "intermédiaire" (50 % / 50%) entre les deux parents. Mais souvent, et c'est certainement le cas avec la plante de la première photo, l'hybride ressemble plus à l'un des deux parents (80 % / 20 %). Par exemple avec l'hybride G.conopsea x N.rhellicani, certains hybrides ressemble à de gros N.rhellicani rosés alors que d'autres sont très proche de G.conopsea avec une inflorescence presque aussi grandes que G.conopsea mais tout en gardant leur couleur rose pétante.

Ici c'est certainement le cas et les pétales de l'hybride sont très très proches des pétales de l'Op.sphegodes alors que le labelle est tout de même étiré comme celui de l'Op.insectfera.

Mais ce n'est pas toujours le cas et l'on pourrait aller à l'autre extrême et trouver un hybride avec des pétales typiquement du style de l'Op.insectifera qui sont fins et de couleur brune.

On pourrait même comme le mentionne Rémi, dire que ce n'est pas un hybride mais simplement un extrême dans la variabilité de l'Op.sphegodes. J'accepte également cette possibilité car il n'est pas possible de connaître toutes les variabilités de nos belles.

Bifolia   bounce bounce bounce
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Hervé88
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyMer 17 Avr 2019 - 21:29

Oui Gilles mais des marques rougeâtre dans les loges polliniques. Pour moi c'est un critère important avec les pétales. Alors quand il n'y a ni l'un ni l'autre...

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Hervé Parmentelat
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyMer 17 Avr 2019 - 21:35

En tout cas ça me rassure : vu la discussion pour un hybride araneola x insectifera (je valide mea culpa), alors je comprends qu’on puisse patiner au fond du Gargano !
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyMer 17 Avr 2019 - 21:41

Ce que montre bien notre discussion constructive au niveau du débat est que rien n'est aussi tranché que l'on ne le souhaiterait.

Comme Bifolia, à force de regarder les posts sur les hybrides et en croiser sur le terrain, certains sont évidents pour tous et moins pour d'autre. Il me semble que l'expression d'un parent plus que l’autre est certes moins courant mais existe bien.
Pour cet individu je me trouve dans la situation du policier qui a une intime conviction, un faisceau de preuves mais pas les preuves évidentes qui pourraient convaincre tout le monde 😉

Bref à priori la grande majorité pense que c'est un hybride et si c'est le cas la combinaison insectifera x sphegodes me semble la plus plosible ☺️ et cela me satisfait comme identification
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Christophe Boillat
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyJeu 18 Avr 2019 - 9:26

Christophe Boillat a écrit:
ttdu67 a écrit:
aranifera x insectifera pour moi, mais il a plus d'aranifera que d'insectifera !

En effet, c'est un hybride; aranifera x insectifera, cela me va bien.

Christophe
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Philippe
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyJeu 18 Avr 2019 - 12:56

HY a écrit:
La plupart

CQFD
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Bifolia

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyJeu 18 Avr 2019 - 22:14

HY a écrit:
Mais cela met le doigt sur le fait que les géniteurs supposés, soit ne sont pas les bons, soit l'un des géniteurs (et plus probablement aranifera) n'est pas exactement aranifera. Nous savons que l'ophrys aranifera/sphegodes présente 4 ITS différents : l'ITS sphegodes, l'ITS aesculapii-hebes, l'ITS bertolonii-araneola-cornuta, et enfin l'ITS castellana-riojana-catalaunica. Il est donc possible que l'aranifera ayant servi de parent dans l'hybride aranifera x insectifera n'ait pas été celui possédant la séquence ITS d'aranifera.

HY

Yves,

Merci pour les explications ci-dessus concernant les 4 différents ITS de l'Ophrys sphegodes.

Comment ceux-ci sont-ils organisés dans l'ADN ribosomique ? Sont-ils comme ci-après séquencés l'un après l'autre de façon égale et régulière ou sont-ils séquencés différemment par exemple deux ITS sphegodes, un UTS aesculapi, trois ITS bertolomii et pour finir un ITS castellena ?

Qu'en pensez vous - Page 2 Nd8p

Est-il possible d'en connaître un peu plus ?

Est-il possible d'en connaître plus sur les autres espèces ? Combien de type d'ITS pour les Ophrys, etc...

Merci d'avance

Bifolia
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyVen 19 Avr 2019 - 9:30

Lors des séquençages des ITS chez le genre Ophrys, il a été possible de voir soit une seule séquence répétée un très grand nombre de fois, soit très rarement 2 séquences ITS différentes accolées (du type AAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBB).

J'ai pris l'exemple des séquences (très répétées) ITS pour soutenir l'hypothèse que l'un des parents n'est pas celui attendu (4 ITS différents pour sphegodes laissent à penser que le contenu en gènes n'est probablement pas tout à fait identique chez tous les sphegodes).

J'ai amassé, pour 107 taxons, 193 ITS. En réalité on a le plus souvent une seule séquence ITS pour la majorité des taxons, mais jusqu'à 7 ITS différents pour un taxon donné.

HY
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Bifolia

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyVen 19 Avr 2019 - 11:23

HY a écrit:
Lors des séquençages des ITS chez le genre Ophrys, il a été possible de voir soit une seule séquence répétée un très grand nombre de fois, soit très rarement 2 séquences ITS différentes accolées (du type AAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBB). HY

Donc le plus souvent les séquences ITS sont du type :

AAAAAAAAAAAAA

BBBBBBBBBBBBB

et rarement :

AAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBB


HY a écrit:
J'ai pris l'exemple des séquences (très répétées) ITS pour soutenir l'hypothèse que l'un des parents n'est pas celui attendu (4 ITS différents pour sphegodes laissent à penser que le contenu en gènes n'est probablement pas tout à fait identique chez tous les sphegodes). HY

Mais pour sphegodes :

AAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCDDDDDDDDDDD

C'est bizarre qu'il n'y en ai pas qu'une seule car Batemann 2018 classe beaucoup de taxons ensembles sous sphegodes !

HY a écrit:
J'ai amassé, pour 107 taxons, 193 ITS. En réalité on a le plus souvent une seule séquence ITS pour la majorité des taxons, mais jusqu'à 7 ITS différents pour un taxon donné. HY

Donc on peut obtenir avec 7 ITS :

AAAABBBBBCCCCDDDDEEEEEEFFFGGGGG

Est-ce que ses 7 ITS sont-ils répétitifs et toujours identiques pour une "espèce" donnée ?

AAAABBBBBCCCCDDDDEEEEEEFFFGGGGGAAAABBBBBCCCCDDDDEEEEEEFFFGGGGGAAAABBBBBCCCCDDDDEEEEEEFFFGGGGG

Ou les 7 ITS ordonnées de façon différentes ?

AAAAAAAABBBBBBBBBBBBCCCCDDDDEEEEEEEEEEEFFFGGGGGGGGGGGG

AAAABBBBBCCCCDDDDEEEEEEFFFGGGGG

Est-ce que les séquences ITS pourraient être utiles à la définition des différentes espèces "107 taxons, 193 ITS" pourrait amener à 107 espèces donc un peu plus que les 9 de Bateman ?

Merci pour votre avis

Bifolia
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyVen 19 Avr 2019 - 18:02

Je n'ai pas du être assez clair. Chez sphegodes, Il esiste 4 ITS différents :
- l'un AAAAAAAAAAAAAAAAAA
- le second BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
- le troisième CCCCCCCCCCCCCCCCCC
- et le quatrième DDDDDDDDDDDDDDDDDD

Dans la grande majorité des cas l'Ophrys possède un seul ITS, de type AAAAAAAAAAAAA.

Les séquences ITS de type AAAAAAAAAABBBBBBBBB sont rares, puisqu'il s'agit d'une recombinaison (un crossing over) qui se produit entre AAAAAAAAAAAAAAAAA et BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB.

Il n'est pas possible de définir le nombre d'espèce en utilisant les séquences ITS, et ce pour plusieurs raisons :
- un seul "gène" ne permet pas de définir le nombre d'espèces
- deux Ophrys très différents peuvent posséder (par introgression) la même séquence ITS
- le même Ophrys peut posséder plusieurs ITS

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyVen 19 Avr 2019 - 18:59

HY a écrit:
Je n'ai pas du être assez clair. Chez sphegodes, Il esiste 4 ITS différents :
- l'un AAAAAAAAAAAAAAAAAA
- le second BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
- le troisième CCCCCCCCCCCCCCCCCC
- et le quatrième DDDDDDDDDDDDDDDDDD
HY
C'est certainement l'élève du fond de la classe près du radiateur qui n'est pas très malin  laughing  laughing  laughing


HY a écrit:
Les séquences ITS de type AAAAAAAAAABBBBBBBBB sont rares, puisqu'il s'agit d'une recombinaison (un crossing over) qui se produit entre AAAAAAAAAAAAAAAAA   et BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB.  

HY

Pour un hybride c'est aussi AAAAAAAAAABBBBBBBBB puisque nous sommes en présence d'introgression au premier stade ou c'est comment ?


HY a écrit:
Il n'est pas possible de définir le nombre d'espèce en utilisant les séquences ITS, et ce pour plusieurs raisons :
- un seul "gène" ne permet pas de définir le nombre d'espèces
- deux Ophrys très différents peuvent posséder (par introgression) la même séquence ITS
- le même Ophrys peut posséder plusieurs ITS

HY

Donc si je comprend bien, on ne peut pas différencier les espèces d'Ophrys en utilisant les séquences ITS mais seulement les comparer en vérifiant les introgressions et les rétro-croisement sffler  sffler  sffler

Et Yves, la question impertinente qui tue (là l'élève est totalement largué) : Cela sert à quoi les ITS pour les orchidées si l'on ne tient pas compte des introgressions que l'on observe et que cela ne nous permet pas de classifier les "espèces" ? boulet

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptySam 20 Avr 2019 - 12:25

Les séquences ITS hautement répétées (ARN ribosomique) permettent aux cellules de disposer de très nombreux ribosomes. Ces ribosomes (protéine + ARN) servent à traduire les ARN messagers, pour la biosynthèse des protéines.

Les ITS sont utiles pour par exemple mettre en évidence des introgressions (ainsi l'Ophrys aveyronensis qui appartient à l'ensemble sphegodes possède par suite d'une introgression un ITS de type scolopax).

Il est impossible de bien classer des taxons différents en n'utilisant qu'un seul type de séquence, alors qu'un Ophrys possède disons 25 000 gènes.

HY
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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptySam 20 Avr 2019 - 18:29

Merci Yves pour ces précisions, donc les séquences ITS sont bien appropriées pour mettre en évidence les indrogressions des Ophrys. cheers  cheers  cheers

Sais-tu combien de paramètres / séquences Bateman a-t-il utilisés pour son travail de 2018 (9 macro-espèces d'Ophrys pour l'Europe) ?   study  study  study

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MessageSujet: Re: Qu'en pensez vous   Qu'en pensez vous - Page 2 EmptyDim 21 Avr 2019 - 14:21

Je ne sais pas. Ce que je puis dire c'est que son analyse révèle 4159 snp (single nucleotide polymorphism), pour 9 macroespèces et 44 accessions. L'analyse 2008 (seulement sur la séquence ITS) ne décelait q'une bonne centaine de snps.

La technique utilisée permet de construire un arbre extrêmement solide. Elle permet aussi de montrer qu'aveyronensis se classe parmi les sphegodes, alors que l'arbre réalisé en 2008 classait (sur la base de l'ITS) aveyronensis avec les fuci/scolo.

HY
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