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 Phylogénie du genre Ophrys

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HY

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MessageSujet: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 11:45

Vous trouverez l'article de Bateman et al. 2018 concernant la phylogénie du genre Ophrys obtenue avec la technique de next generation sequencing, dans la revue Annals of Botany (More content puis Advance articles).
Ca va vous bouger un peu plus que je n'ai pu le faire jusqu'à présent. Je le transmet au "patron" qui vous le metttra sur le site

HY
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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 12:41

Et bien le voilà. J'ai à peine parcouru mais suis captivé !!!  Shocked
Je ne suis pas le "patron" mais j'ai hébergé le pdf ici :

mediafire.com file/5y27w1x2pleoby2/Bateman_et_al_2018.pdf

Bonne lecture à tous, asseyez vous bien ! Wink

EDIT : Merci Yves de ce formidable "pavé" sffler
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jft2607
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 13:52

On va le mettre en biblio !

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Jean-François
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jringenbachfr



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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 14:40

merci
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jft2607
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 14:56

L'article est visible aussi ds la biblio d'ophrys rubrique orchidée et science...si l'un de vous veut en faire la traduction....n'hésitez pas!
Sur le fond on reste bien ds le sens du regroupement..... ça lèverait pas mal d'interrogations et il faudrait ce genre d'étude sur d'autres genres d'orchidées et d'autres à mon avis sur le mécanisme d'expression des gènes ...pourquoi deux plantes même potentiel génétique donnent des morphologies qui diffèrent soit au sein d'une même population soit géographiquement soit de façon temporelle.... l’expérience du terrain laisse entrevoir des pistes mais c'est toujours empirique.... alors dans vos labos...aidez nous!!!!

Merci à Yves qui suit ça de près pour nous

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Jean-François
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HY

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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 17:04

Bateman me signale qu'il continue à s'intéresser aux microespèces, et qu'il va tenter quelquechose sur 60 Ophrys de la macroespèce sphegodes (incluant notre superbe aveyronensis dont je lui ai signalé la beauté et la variabilité).


HY
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Jean-Cyprien

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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 17:50

Quelle boulot ! Mais quelle richesse !
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Philippe
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 18:14

Je lirai ça quand je serai à la retraite (ça m'en fait un paquet à lire, j'en ai au moins pour vingt ans !)
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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 18:49

Moi aussi Philippe je ne risque pas de lire ça d'une traite.

Pour éclairer ou aider certains membres j'ai capturé 2 shémas qui situent bien le sujet.



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HY

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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 19:26

Pour vous faire comprendre l'intéret de ces travaux, il faut dire que la technique utilisée génère 120 fois plus de variabilité (snp pour single nucleotide polymorphism) que l'analyse des séquence ITS. Ceci pour justifier les différences de position des désormais seulement 9 macroespèces : la topologie de cette phylogénie diffère de celles réalisées avec les seuls ITS par la position des insectifera, des speculum/ciliata, et des umbilicata, et les fuci/scolos constituent un seul ensemble..
- les umbilicata ont divergé les premiers des sphegodes et des fuci/scolo
- enfin sphegodes et fuci/scolo sont proches.
- seule la branche fuci-scolo est peu solide.

Tout cela est bétonné par des valeurs de bootstrap de 100 pour 12 branches, de 99 pour 2 autres, de 97 pour la branche spohegodes, mais seulement de 86 pour les fuci-scolo. Autant dire que cette phylogénie est très très solide.

Bateman se propose désormais de regarder si cet outil est ou non capable de séparer les microespèces en s'attaquant à 60 membres du clade sphegodes. Bonne chasse et bonne chance.


Lisez son article en entier, il en vaut la peine : comparaison avec les précédentes phylogénies, comparaison avec un cladogramme morphologique, ce nouvel outil a-t-il fait progresser la phylogénie, les outils anciens comme la cytogénétique confortent ils ces données, le sous-genre Pseudophrys dérive-il de l'évolution ou est-il paedomorphique (ie maintien d'un caractère juvénil chez l'adulte), la convergence phénotypique est observée, d'ou dérive le genre Ophrys, les futurs outils amélioreront-ils cette phylogénie, plusieurs des conclusions méritent également votre attention.

Personnellement, je suis bluffé.

HU
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Philippe
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 20:01

Le problème pour moi c'est la notion de "macro espèce".
Je comprends bien puisque c'est ce que j'ai appelé "groupe -espèce" en son temps.
Mais en quoi cela implique-t-il que "macro-espèce" = espèce ?
Ceci étant dit, je ne lirai sans doute pas tout ça car ma pauvre formation de prof de ballon ne m'a pas offert le décodage (chacun son truc) mais je fais bien la différence entre aranifera, provincialis et incubacea (au pif) et c'est ce qui m'importe.  J'ai aussi parfois du mal avec d'autres groupes d'espèces araniformes et ça me plait bien.
Je vois bien la différence entre insectifera et aymoninii, je comprends qu'ils appartiennent au même groupe mais vu que je les distingue bien je n'ai aucun problème pour leur donner deux noms différents. Par contre mettre le groupe bertolonii dans les aranifera m'a toujours choqué.
Je vois bien la différence entre un homme blanc et un homme noir ou nord-africain ou chinois, je comprends qu'ils appartiennent à un même groupe mais j'admets que l'on puisse dire type européen, type asiatique etc... Et sur les même critères de différenciation on crée des espèces ou des sous-espèces. Quand on parle de l'homme c'est du racisme, en zoologie non pas forcément. (attention je ne dis pas que l'homme est divisé en espèces ou sous-espèces, je veux juste essayer de monter que les critères ne sont pas toujours les mêms et c'est gênant. D'où les interrogations multiples sur le "placement du curseur"
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 20:43

Philippe macro especes ne veut pas dire especes au sens ( y a t il un sens au mot espèce ) que certains lui donnent!
Je pense qu’il y a des ophrys qu’on va très bien distinguées ,longtemps j’ai pensé par exemple que c’était Facile de séparer splendida de marzuola ( ou ses synonymes) en deux especes or depuis que bcp d’obs du terrain remontent on voit bcp de plantes très incertaines et ça m´interpelle
Je pourrais aussi parler des bertolonii à priori pas de doutes et ben revient me voir mars début avril et tu seras surpris de certains looks proche de drumana !!!
Après ça reste des impressions de terrains

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Jean-François
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jft2607
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 20:46

J’attends avec impatience l’etude Sur les sphegodes ça permettra sans doute d’avoir une idée ou mettre le curseur

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Jean-François
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Philippe
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 20:56

jft2607 a écrit:

Je pourrais aussi parler des bertolonii à priori pas de doutes et ben revient me voir mars début avril et tu seras surpris de certains looks proche de drumana !!!
oulla !!! j'ai pas parlé (je m'en suis bien gardé) de bertolonni (aurelia) vs saratoi (drumana) car je te le concède le problème est bien délicat, tout comme entre splendida et les arachnitiformis si ce n'est la date de floraison (et là je n'ose évoquer le splendida normand)
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jft2607
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 21:19

Peut être qu’au final on sera pas plus avancé mais ces études sont qd même plus interessantes que certaines qui fleurissent ds certaines revues orchidophiles

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Jean-François
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 22:08

Intéressante cette hypothèse pour le groupe fusca, ça interpelle quand même ! (au milieu des autres espèces plutôt qu'à côté)

On attend avec impatience la suite du travail promise.
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 10 Jan 2018 - 22:41

Tellement bluffé, que HY se cache derrière HU!
Mais merci pour ces (premières? nous aurons sans doute besoin d'autres...) explications.

Olivier
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Jeu 11 Jan 2018 - 10:17

Une question à Yves ...je ne comprends pas ce que signifie ta phrase
"seule la branche fuci-scolo est peu solide"
Qd on en est resté aux pois de mendel et aux drosophiles de Morgan il y a un grand retard à rattrapper!!! sffler sffler sffler tu nous fait une formation mise à jour quand???? rire

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Jean-François
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Jeu 11 Jan 2018 - 11:14

Pour répondre à jft :

Tu as remarqué sur la phylogénie que presque toutes les branches sont très solides : 100 (ou 99) ce qui signifie que la branche est inamovible. les branches notées 98 (insectifera) et 97 (sphegodes) sontt solide également. Par contre, 86 (fuci/scolo) et tout ce qui est moins de 86 signifie que là on est encore dans le flou. On pourra améliorer ces chiffres trop bas dans le futur.

En termes d'arbre phylogenetique, la valeur de bootstrap indique combien de fois sur 100 la même branche est observéee lorsque l'on répète la reconstruction phylogénétique avec un rééchantillonage des mêmes données. Notez que dans cet article c'est le nombre de fois sur 1000 qui a été utilisé, ramené à 100. Lorsque l'on a 100 sur 100 et que les données sont suffisament importantes, on dit que vous avez une veine de .... .
Ce qui est également intéressant est le fait que les faibles valeurs de bootstrap suggèrent que le ou les taxons sont mal étayés (soutenus).

Une valeur de bootstrp au-dessus de 95% est très bonne et très acceptable. Entre 75% and 95% c'est raisonnablement bon. Moins de 75% est un faible support et moins de 50% ne signifie rien d'intéressant.

On peut donc dire, au vu de l'arbre de cette publication, que le lien de scolopax et picta avec oxyrrhynchos est très mauvais, de même que le lien des fuci-scolo avec homeri. Par contre le lien fuciflora-elatior apparait solide. Pour faire simple, da,s cet arbre tout est assez solide pour les sphegodes, mais par contre les liens entre les divers fuciflora ne sont pas tous bien étayés.

HY
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jft2607
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Jeu 11 Jan 2018 - 11:26

ok j'y vois plus clair..... conclusion y a encore du boulot! lol!

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Jean-François
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Jeu 11 Jan 2018 - 11:49

Je suis assez d'accord (une fois de plus) avec Philippe, le problème des macro/microespèces n'est pas réglé. Il me semble bien avoir écrit quelque part que ce que les auteurs divers décrivent (souvent bien) et qui est affecté du labelle microespèce pourrait bien couvrir divers rangs allant de la sous-espèce à la forme. Ca collerait bien avec des macroespèces allant de l'espèce à la section (voir la position de fuciflora et celle de scolopax, celle de sphegodes et celle de taygetica, sur la figure 3).
Notons ici également que la longueur des branches qui séparent les insectifera/aymoninii (ou les apifera) est sensiblement plus courte que celles qui séparent sphegodes d'aveyronensis (ou umbilicata de levantina). On est donc là plutôt dans des Ophrys allant de la sous-espèce à la forme.
regardez également les positions d'hometi et de taygetica par rapport aux autres taxons de la "macroespèce".

Un petit point par contre au sujet des humains, les berbères d'afrique du nord (type zidane) sont génétiquement plus près des européens que des conquérants arabes.

Autre chose le fait de donner un nom ne me gène pas, mais ça ne signifie en rien qu'il s'agisse d'une espèce, d'une sous-espèce, en un mot ça ne dit rien sur son rang, la mode étant de trouver une petite différence (sans se soucier de savoir si c'est un caractère héréditaire) pour en faire une espèce, ou au pire une sous-espèce. Sur un plan théorique on doit trouver plus de différences génétiques entre deux espèces qu'entre une espèce et sa sous espèce (c'est un peu ce que je suggère plus haut).

HY (errare humanum est pour le HU antérieur)
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Zinb

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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mar 16 Jan 2018 - 16:01

Merci Yves pour les infos au sujet de cet article, que j'ai pu lire ces derniers jours.
Cela confirme des résultats intéressants...
Ce qui me fascine le plus, c'est que la ressemblance entre les tenthredinifera et, par exemple, les fuciflora, serait le fruit uniquement d'une convergence évolutive (un "modelage" identique issu de la sélection effectuée, à leur insu, par les pollinisateurs), puisque tentredinifera serait en fait plus proche des pseudophrys d'un point de vue phylogénétique.
L'hypothèse sur la pédomorphose des Pseudophrys est également assez "intrigante"... et donc à suivre.

J'ai juste un petit regret : avant qu'ils concluent quasi-définitivement sur un nombre "final" de 9 macro-espèces, j'aurais bien aimé qu'ils échantillonnent un peu plus largement les espèces, en particulier en intégrant certains taxons vraiment atypiques. Je pense notamment à Ophrys atlantica (qui devrait se retrouver avec les fusca-lutea, mais on n'est pas à l'abri d'une surprise avec celui-là), voire peut-être aussi des taxons turcs (O. isaura, O. schulzei... même si ceux-ci devraient assez logiquement rester dans les groupes fuciflora-scolopax).
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HY

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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    Mer 17 Jan 2018 - 11:40

Pour répondre à Zinb, la préoccupation actuelle des chercheurs ayant publié cet intéressant article, est de développer leur nouvel outil sur les groupes F-J pour Sramko et al., et G pour Bateman et al.

Bateman utilise 60 "microespèces" de la "macroespèce" sphegodes. J'attends avec impatience.

Mon sentiment actuel est que les "microespèces" pourraient recouvrir des rangs allant de sous-espèce à forme (voire variété), mais rien dans les groupes G et H' ne laisse à penser qu'il puisse exister une nouvelle "macroespèce". Mais ce n'est que mon impression.

HY
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MessageSujet: Re: Phylogénie du genre Ophrys    

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Phylogénie du genre Ophrys
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