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 etranges nigritelles

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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Dim 30 Juil 2017 - 13:01

On peut probablement déjà annoncer que pour les nigritelles non apomictiques, lesquelles (à l'image de ce que l'on observe dans certains groupes de Dactylorhiza) s'hybrident facilement dès lors qu'elles se côtoient, que la génétique montrera là des différences assez faibles. D'un point de vue morphologique on pourra en faire des espèces, mais d'un point de vue génétique...

Olivier
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jft2607
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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Dim 30 Juil 2017 - 14:31

Pour info j'ai vu des nigritelles ds le Vercors en pleine floraison vers le 8 août ds des sites où on en voit fin Juin debut Juillet ... pour la nomenclature chacun fera comme d'habitude à sa façon persuadé d'avoir raison... comme Olivier je crois que la genetique nous montrera peu d'espèces ou tout au moins pas assez de variations pour en tirer des conclusions ... reste la morphologie .. et quand sur une population on constate que l'on ne peut pas trouver des criteres fiables et surtout constant je ne vois pas l'intérêt de multiplier les especes ( enfin sur certains plans on le voit trop bien! 😊)

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Jean-François
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HY

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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Dim 30 Juil 2017 - 18:27

Olivier, tu as raison avec les outils actuels de la génétique (ITS, ADN chloroplastique). Cependant des collègues étrangers développent actuellement de nouveaux outils (NGS pour next generation sequencing). Ces outils permettent d'explorer l'ADN beaucoup plus largement pour en extraire de (très) nombreuses différences nucléotidiques. Cela permettra probablement de séparer même les génotypes assez proches. On en reparle dans les mois (ou les années) à venir.

HY
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Bifolia



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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Dim 30 Juil 2017 - 22:20

HY a écrit:
Olivier, tu as raison avec les outils actuels de la génétique (ITS, ADN chloroplastique). Cependant des collègues étrangers développent actuellement de nouveaux outils (NGS pour next generation sequencing). Ces outils permettent d'explorer l'ADN beaucoup plus largement pour en extraire de (très) nombreuses différences nucléotidiques. Cela permettra probablement de séparer même les génotypes  assez proches. On en reparle dans les mois (ou les années) à venir.

HY

Ce qu'écrit "HY" ci-dessus, c'est le plus grand danger pour la classification des orchidées et autres plantes "décoratives" (Le blé est plus utile à l'humanité que les nigritelles).

Aujourd'hui, nous utilisons une méthode génétique, demain une autre et après-demain encore une autre et cela ne va pas finir avec l'avancement des techniques et on ne va pas en finir une fois pour toute afin de pouvoir dire sereinement ceci c'est rhellicani, ceci c'est austriaca et ceci c'est miniata...

Il est bon de se servir des résultats génétiques, mais il ne faut pas oublier les autres méthodes d'identification des plantes et trouver un juste milieu qui ne donne pas trop de poids à la génétique ( lol!  lol!  lol! pour "HY").

La remarque d'"Olivier Gerbaud" concernant les nigritelles non apomictiques "la génétique montrera là des différences assez faibles" est certainement également valable pour les nigritelles apomictiques en regard aux résultats des travaux de Mikael Hédren qui devraient être publiés. Encore une fois, à mon avis, seul l'ensemble des méthodes (génétique, morphologie, etc...) nous permettra une classification en donnant au préalable les critères de ce qu'est une espèce, une variante et une forme... (Là c'est pas gagné d'avance…)

Et puis au fait, est-ce bien nécessaire de classifier avec autant de précision toutes les orchidées et autres plantes ? N'éprouvons-nous pas simplement autant de plaisir devant ces beautés de la nature sans devoir obligatoirement savoir le nom exacte de toutes les plantes rencontrées lors de nos balades ? Je rejoint donc l'avis exprimé ci-dessus par "jft" concernant la multiplication des espèces...
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HY

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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 11:05

Je ne vois pas en quoi les outils (techniques) de la génétique dont il est question sont un danger pour la classification des Orchidées. Bien au contraire. Vous me permettrez donc de ne pas du tout être d'accord avec ce que nous dit bifolia.
L'amélioration des outils génétiques (et donc les nouvelles connaissances que cela entraine) dont il est question n'est en aucun cas un danger pour la classification des Orchidées. En effet, meilleurs seront les outils génétiques, meilleure sera notre connaissance des mécanismes qui participent à l'évolution des Orchidées. Par exemple, à ce jour, je n'ai pas connaissance d'une technique autre que génétique permettant une classification des Ophrys, et ce malgré les intéressants efforts de certains (Francisco et al. 2015 : Morphological phylogenetic analysis of Ophrys (Orchidaceae): insights from morpho-anatomical floral traits into the interspecific relationships in an unresolved clade. Botanical Journal of the Linnean Society 179: 454-476). Cela ne veut pas dire (et je ne l'ai pas dit) qu'il faut se désinteresser des analyses autres que génétiques. Malheureusement je n'ai pas connaissance de travaux importants concernant par exemple la connaissance des associations végétales incluant les Orchidaceae, fort heureusement par contre une meilleure connaissance de la localisation des différents taxons est en cours et devrait permettre de mieux connaitre les milieux dans lesquels les Orchidées européennes se développent, cette connaissance des lieux dans lesquels elles croissent confortent me semble-t-il ce que nous savons actuellement du réchauffement climatique.

La génétique est simplement un ensemble de techniques plus ou moins sophistiquées permettant de mieux établir l'histoire évolutive des genres, espèces, sous-espèces, variétés d'Orchidées. Elle ne s'oppose en rien aux autres outils disponibles, mais elle présente un avantage énorme, elle est (souvent) beaucoup plus précise.

Les Orchidaceae ont ceci d'intéressant, elles utilisent toute une gamme de mécanismes (souvent complexes) pour évoluer, et certains tout à fait originaux. Comment déterminer le champignon associé sans les outils génétiques ? Comment s'intéresser à leur métabolisme sans biochimie ?
Comment déterminer les molécules attractives pour les pollinisateurs sans biochimie ?

N'oubliez pas que les scientifiques répondent très rarement à la question pourquoi, ils se limitent à répondre (avec parfois beaucoup de difficulté) à la question comment. Et pour celà la génétique est souvent irremplaçable.

HY
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Bifolia



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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 11:59

Merci pour votre intervention "HY", je vous ai, mais gentiment, un peu titillé, pour que vous nous présentiez votre avis sur la question.
J'aime bien vos interventions sur ce forum, avec elles, nous progressons étant en présence d'avis différents ou pas...
Avec un belle argumentation comme la vôtre, nous sommes obligé de tenir compte de votre avis qui celui d'un professionnel de la question et non pas d'amateurs comme bien d'autres Ophrysiens dont je suis. Vous nous avez également un peu titillé avec vos 9-10 espèces d'Ophrys pour toute l'Europe.

Ma crainte est que nous allions trop loin avec la génétique et que nous ayons dans chacune de nos vallées alpines trois espèces différentes de rhellicani... (cela fera beaucoup)
Mikael Hédren est également confronté avec les nigritelles rouges (apomictiques) à de tels cas. Deux échantillons de la commune de Celerina, dont nous avons avec Christophe participé à la récolte, dont les biotopes sont distant d'environ 1 km et qui donnent des résultats différents alors qu'en les voyant ces échantillons sont très semblables morphologiquement. Il ne sera pas facile de bien cerner les différences génétiques "importantes" afin de pouvoir classifier au plus juste les résultats obtenus (analyses discriminatoires). Quelles sont les différences significatives qui nous permettrons de dire que nous sommes ici ou là en présence de deux espèces, simplement de deux variantes ou de deux formes. Plus nous affinerons les analyses, plus j'ai des craintes que nous ne pourrons plus vraiment dire qui est quoi...

Dur, dur, à mon avis...
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GL
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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 14:46

Quand on lit les publications d'Yves (notamment celle parue dans l'Orchidophile n°213 Wink ) on se rend bien compte qu'outre sa rigueur scientifique, on peut faire confiance à sa sagesse...
Des variations des marqueurs génétiques sur des "espèces" très proches (complexe fuciflora/scolopax, santonica vs gresivaudanica par exemple) ne le gênent pas vraiment pour supposer une grande proximité...
Une plus grande précision de l'outil, ne signifie donc pas forcément une multiplication des taxons, juste une meilleure connaissance de la phylogénie...L'étude morphologique seule, a entrainé une inflation souvent inutile !!! Nos "Anciens" étaient remarquables pour ça, mais à leur décharge, il n'avaient pas du tout le recul que l'on peut avoir grâce à l'évolution conjuguée des moyens de transport et du numérique ! Ce qui n'empêche malheureusement pas certains à poursuivre dans cette voie ... archaïque !


Dernière édition par GL le Lun 31 Juil 2017 - 14:50, édité 1 fois
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Bifolia



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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 14:49

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HY

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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 18:32

Merci de m'avoir gentiment fait réagir. Si je ne crois pas au tout génétique, je dois reconnaitre que je privilégie cet outil. Je ne serais pas surpris que les prochains résultats chez les Ophrys utiliseront la NGS nous confortent dans l'idée qu'il y a, par exemple dans le genre Ophrys, beaucoup moins d'espèces que ne le racontent certains (au sens des "macroespèces" de Bateman), mais que par contre il existe une très grande variabilité allant de la forme, à la sous-espèce en passant pas la variété. Ca ne fait que déplacer le pb, je vous l'accorde. Il faut avoir conscience qu'il est impossible de décrire et de gérer les multiples événements d'évolution réticulée qui existent dans ce genre, avec seulement un code binaire (hérité d'un lointain passé).

HY
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 22:11

Pour les nigritelles, on voit bien le "foutoir" (je vous prie de m'excuser pour ce mot) que nous avons pu observer avec Guy en Slovénie avec les taxons à reproduction sexuée.
Voilà qui conforme mon opinion de ne pas trop séparer ces taxons au niveau spécifique...
(OK, je rumine la chose depuis plus de dix sans doute, et pourtant j'ai souvent une étiquette de "spliter" qui ne colle pas vraiment avec mes écrits... Je m'y suis habitué.

Je n'ai d'ailleurs participé qu'à la description d'une nigritelle, à savoir G. cenisia, que j'ai toujours considéré comme sous-espèce au mieux - mais j'étais plus jeune que Wolfram, alors politesse: je l'ai même laissé publié sous "Nigritella" avant de ramener le taxon en "Gymnadenia". Mais, comme pour O. gresivaudanica, il faut mieux rester dans le moule habituel, celui de la description d'espèce, plutôt que de semer un trouble à un niveau inférieur. Ou sinon il faudrait avoir le courage de ramener de nombreux taxons proches à ce niveau inférieur? Je n'ai pas cette prétention, et c'est encore trop tôt pour proposer un "vrai" ménage, c'est du moins mon avis).
Et je suis à l'aise ainsi aujourd'hui!

Par contre j'avoue avoir un vrai problème avec les nigritelles apomictiques qui forment des clones.
Peut-être que Yves pourra m'aider en donnant son avis sur l'importance des clones dans la phylogénie?
Et là aussi, on peut envisager que ces clones aient plusieurs "parents" de base. Je ne vois pas comment, sans l'aide de la génétique, on pourrait donc faire un tri objectif de ces clones.

Soyons patients, la lumière à fini par jaillir: bonne nuit Lucie (notre première petite-fille)!

Olivier
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Bifolia



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MessageSujet: Re: etranges nigritelles   Lun 31 Juil 2017 - 23:18

Merci à HY et à Olivier Gerbaud qui ont pris sur leur temps pour nous donner leur avis...
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