Forum sur les orchidées sauvages de France et d'Europe
 
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 taxons depuis delforge 2005

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Olivier GERBAUD
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Olivier GERBAUD

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MessageSujet: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 18:24

Pour ceux qui souhaitent avoir la liste des taxons publiés depuis la dernière édition du Delforge:


https://drive.google.com/open?id=0BxJDHDKLAsfhcVFnRTZhaC1fbTg&authuser=0

Olivier
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HY

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 19:23

Moi ça me fait un peu peur cette liste de nouveautés, on doit approcher les 300 Ophrys......

Autant je comprends que l'on puisse décrire de nouvelles var. ou de nouvelles formes, autant je suis sceptique pour les sous-espèces d'oestrifera, d'incubacea, de ferrum-equinum, de lutea, pour les nouveaux tenthredinifera (comme amphidami, lycomedis, dictynnae, korae, leochroma, ulyssea et les sous-espèces spectabilis et tingurtiae) et pas mal de nouvelles espèces (du style montis-aviari). Il me semble des plus discutables que l'on attribue le rang d'espèce ou de sous-espèce, puisqu'il n'existe aucun critère génétique pour le faire.
Le fait de donner un nom nouveau à quelquechose qui se distingue du reste, ça me va, pas de problème, mais quelle est la nécessité de les ranger au hasard dans des cases bien délimitées (espèce, sous-espèce) ? C'était la pratique d'une autre époque, regardez les classifications des années 1950 et celles actuelles réalisées sur la base de séquences ADN (on est bien loin des monocot-dicots), vous comprendrez pourquoi il serait plus simple de positionner ces nouveaux taxons simplement dans les complexes déjà définis, en attendant que des données génétiques puissent les placer les uns par rapport aux autres.

HY
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 19:55

Là, je tiens à souligner que je suis tout à fait d'accord avec HY.
Je pense avoir été assez clair à ce sujet ces dernières années.

Je n'ai mis en ligne cette mise au point, uniquement pour que chacun d'entre nous (moi le premier!)puisse comprendre de quoi il s'agit, face à une dénomination inconnue trouvée ici ou là.


Olivier
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adrien

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 20:17

Merci Olivier c'était nécessaire. Difficile sinon de suivre ...
Derniere exemple en date: céphaloniensis que je ne connaissais pas...
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Philippe
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 20:54

Je déplace le sujet. Je crois qu'il sera plus facile à retrouver dans "orchidées et sciences"
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 21:01

adrien a écrit:
Merci Olivier c'était nécessaire. Difficile sinon de suivre ...
Derniere exemple en date: céphaloniensis que je ne connaissais pas...

C'est curieusement en cherchant des données sur ce taxon que j'ai trouvé ce sujet.
Et pourtant, j'ai fais la présentation de ce taxon publié dans le JEO (très récent) il y a peu.
Mais ces descriptions sont de la folie...

Pour le déplacement, tu as bien entendu raison Philippe; en fait j'ai hésité et suis parti au plus simple (j'ai trop de choses à faire avant nos vacances).

Bonne (difficile?) lecture à tous,

Olivier
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Francois.l

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 12 Avr 2015 - 21:19

Merci pour le partage. Il faut s'y plonger maintenant
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Francois.l

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyMer 25 Nov 2015 - 20:30

J'aimerai revenir sur ce sujet. Ok pour tous ces taxons. Pourquoi pas. Même si c'est trop. Par contre comment puis-je voir les descriptions des taxons pour me faire mon propre avis ?
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 15:36

Juste pour enfoncer le clous :


Pillon et Chase (2007) indiquent qu’en Europe il existe en moyenne plus de 3 noms pour chaque « espèce ». Ces deux auteurs montrent également comment cet accroissement du nombre d’espèces décrites s’est effectué en Europe, avec de 1750 à 1900 moins d’une nouvelle espèce d’Ophrys décrite par période de deux ans, de 1900 à 1975 une ou deux nouvelles espèces par an, et enfin, entre 1975 et 2000 pratiquement 5 nouvelles espèces d’Ophrys sont décrites chaque année. J’ai personnellement noté (sur la base de la liste des nouveaux taxons indiquée par Olivier G.) entre 2006 et 2014 une moyenne entre 7 et 8 nouvelles espèces d'Ophrys et de plus de 4 sous-espèces par an. Cela revient à affirmer soit que les botanistes des siècles précédents, contrairement à ce que nous pensions tous, n’étaient que de pales amateurs, soit que des nouvelles espèces apparaissent par miracle chaque année hypothèse peu probable, ou enfin que pas mal de ces nouvelles espèces n’en sont pas. Pillon et Chase (2007) citent l’exemple de Delforge (2001) décrivant huit espèces de Dactylorhiza endémiques des Iles Britanniques (iles pourtant couvertes de glace il y a seulement 18 000 ans) et que les données génétiques ne séparent pas (Hedrén et al., 2001). Le travail de Pillon et Hedrén (2007) confirme que cette indentification inflationniste, malgré une très longue histoire de description d’espèces en Europe, pose de sérieux problèmes, par exemple dans la perspective de conservation des espèces.

HY
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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 19:08

Comme toujours c'est lumineux de te lire Yves, merci.  sunny

D’où ma conviction, qui s'incruste ; il est urgent d'attendre que tout se décante...
Les premiers éléments confirment quelques dérives inflationnistes !

Je m’épargnerai donc, des lectures superfétatoires ! Rolling Eyes
Et des listes abracadabrantesques !

Mais c'est assez à la mode en ce moment, dans trop de directions hélas !
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Gerard BRATEAU

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 19:41

Tout à fait d'accord avec Yves et Claude, il est urgent d'attendre.
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Bifolia

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 20:26

Un petit bémol à ces propos. Faut-il vraiment attendre ?

Est-ce que HY concernant les Ophrys ou Félix, autre exemple, et ses écrits concernant les Dactylorhiza, ne nous montrent-ils pas la voie à suivre en "combattant" l'inflation du nombre d'espèces ?

Il ne faut pas attendre mais il faut "contrer" cet explosion du nombre de nouvelles espèces qui n'en sont pas...

Bifolia


Dernière édition par Bifolia le Sam 28 Nov 2015 - 7:55, édité 2 fois
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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 21:01

Bifolia a écrit:
Un petit bémol à ces propos. Faut-il vraiment attendre ?
Est-ce que HY concernant les Ophrys ou Félix, autre exemple, et ses écrits concernant les Dactylorhiza, ne nous montrent-ils pas la voie à suivre en "combattant" l'inflation du nombre d'espèces ?
Il ne faut pas attendre mais il faut "contrer" cet explosion du nombre de nouvelles espèces qui n'en sont pas...
Sans vouloir te froisser, il y a pour moi d'autres priorités ; je suis ici pour le loisir pas pour combattre.
Et ... candide, toujours.

Alors avec l'ambiance délétère actuelle, je suis d'accord pour alléger les débats et fuir les prises de têtes.
Il y a assez d'autorités autoproclamées !

Nonobstant, si j'ai bien compris les débats précédents, on peut se faire son idée soi même et refuser les autres ?
Leurs publications n'ont pas une valeur légale ni absolue ? Pourquoi dépenser inutilement son énergie ?

Et j'en rajoute une couche : que de dérives impertinentes ! Ça, au moins, j'en suis convaincu.
J'ai la chance d'avoir comme ami un botaniste local, ancien universitaire, qui démystifie beaucoup de choses. Et qui calme mes ardeurs, avec un humour dévastateur !
(bientôt un article théorique, mais non moins scientifique, à venir dans un autre sujet)

Justement nous avons, ici, des experts (auxquels je me fie) qui remettent les pendules à l'heure. Cool
Fais comme moi ?
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyJeu 26 Nov 2015 - 23:20

Je suis d'accord avec HY, et aussi Claude Vincent, voire Félix, que j'ai défendu sur ce site.
Bifolia demande de "contrer"... Mais quoi?
Le vrai problème est de définir les notions d'espèces, de sous-espèces, etc...
A ce sujet, nous avons tous nos conceptions pour différentes raisons (de l'empirisme - l'expérience du terrain - aux parcours intellectuels - les formations professionnelles -, les deux n'étant pas incompatibles et pouvant même se bonifier par cumul).
Alors restons sereins et ouverts.
Je pense que la génétique (et HY aussi?) est incontournable, et je reste pantois de constater que pour d'autres, c'est du bidon! Et bien je fais avec.
Donc je ne contre plus rien (mais ma conception "génétique" va inéluctablement vers une révision à la baisse de toutes (ou presque) les descriptions récentes.
Sincères considérations à vous tous...

Olivier
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pmb
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyVen 27 Nov 2015 - 9:13

Olivier GERBAUD a écrit:
(mais ma conception "génétique" va inéluctablement vers une révision à la baisse de toutes (ou presque) les descriptions récentes.

Qu'Alania et Flore t'entendent, Olivier !
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyVen 27 Nov 2015 - 10:59

Je ne voudrais pas que nous nous satisfaisions de phrases du type :
"Ce texte concerne essentiellement notre travail, et ne s'occupe pas de celui d'autres orchidophiles qui, en vertu de postulats ou par des procédés d'analyse et de démonstration que nous n'admettons pas, arrivent naturellement sur les mêmes sujets, à des résultats différents".

Même lorsque nous ne sommes pas d'accord, il est plus important de faire des propositions constructives. Comme le disait ????? : "Lorsque vous ouvrez des fenêtres, alors naturellement ça fait des courants d'air".


Pour essayer d'avancer, sans guerroyer, je finis de vous concocter un petit texte qui vise à clarifier une partie des questions posées par la prolifération des "espèces" d'Ophrys, et je le mets ici dans les jours qui viennent.


HY
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyVen 27 Nov 2015 - 12:45

Finalement juste une ou deux retouches à un petit texte déjà prêt.


Ophrys de France

Sur la base des 10 groupes définis par l’analyse de Devey et al. (2008), soit en France 9 groupes (pas d’umbilicata) : insectifera, tenthredinifera, bombyliflora, speculum, pseudophrys, apifera, aranifera, scolopax, fuciflora, il m’a semblé intéressant de savoir comment les amateurs pouvaient ranger les Ophrys de France. J’ai donc posé la question à des orchidophiles, sur la base de leurs connaissances et en leur présentant des ouvrages (Les Orchidées de France, Belgique et Luxsembourg, Atlas des Orchidées de France). La question était : dans lequel des neufs ensembles classez-vous les Ophrys suivants ?
Ophrys annae, Ophrys apifera, Ophrys aprilia, Ophrys arachnitiformis, Ophrys araneola/litigiosa, Ophrys aranifera/sphegodes, Ophrys argensonensis, Ophrys aymoninii, Ophrys aveyronensis, Ophrys bertolonii (aurelia), Ophrys bombyliflora, Ophrys catalaunica, Ophrys conradiae, Ophrys corbariensis, Ophrys corsica, Ophrys delforgei, Ophrys demangei, Ophrys druentica, Ophrys drumana/saratoi, Ophrys elatior, Ophrys eleonorae, Ophrys exaltata, Ophrys forestieri/lupercalis, Ophrys funerea/sulcata, Ophrys ficalhoana, Ophrys fuciflora, Ophrys précoce du Gâtinais, Ophrys gresivaudanica, Ophrys incubacea, Ophrys insectifera, Ophrys ligustica/majellensis/sancti-caesari…, Ophrys lutea, Ophrys magniflora, Ophrys marmorata/bilunulata, Ophrys massiliensis, Ophrys montiliensis, Ophrys montis-aviari, Ophrys morisii, Ophrys neglecta, Ophrys occidentalis, Ophrys des Olonnes, Ophrys panormitana/praecox, Ophrys passionis, Ophrys peraiole/zonata, Ophrys philippi, Ophrys picta, Ophrys provincialis, Ophrys de Saint Loup, Ophrys santonica, Ophrys scolopax, Ophrys souchei, Ophrys speculum/ciliata, Ophrys splendida, Ophrys subfusca (ex bilunulata), Ophrys subinsectifera, Ophrys tenthredinifera, Ophrys vasconica, Ophrys virescens.

Faites l’expérience avec vos amis et collègues orchidophiles.

Dans ma petite expérience, globalement seuls les 4 Ophrys « bertoloniiformes » ne sont pas positionnés dans un groupe. Le constat est que les classements, basés sur les seules ressemblances morphologiques coïncident parfaitement avec les ensembles insectifera, tenthredinifera, Pseudophrys, fuciflora et scolopax. En ce qui concerne l’ensemble aranifera, seuls les Ophrys « bertoloniiformes » n’y sont pas inclus. Ainsi, à peu de choses près (4 sur 59), quelle que puisse être la manière de classer (morphologie ou ADN), les Ophrys peuvent être répartis dans 9 ensembles qui regroupent alors la très grande majorité des taxons qui se ressemblent bien plus qu’ils ne diffèrent.


Ensemble insectifera
Ophrys aymoninii
Ophrys insectifera
Ophrys subinsectifera

Ensemble tenthredinifera
Ophrys aprilia
Ophrys ficalhoana
Ophrys neglecta
Ophrys tenthredinifera

Ensemble bombyliflora
Ophrys bombyliflora

Ensemble speculum
Ophrys speculum/ciliata

Ensemble pseudophrys
Ophrys corsica (lutea)
Ophrys delforgei
Ophrys eleonorae
Ophrys forestieri/lupercalis
Ophrys funerea/sulcata
Ophrys lutea
Ophrys marmorata/bilunulata
Ophrys peraiole/zonata
Ophrys subfusca (ex bilunulata)
Ophrys vasconica

Ensemble apifera
Ophrys apifera

Ensemble aranifera
Ophrys arachnitiformis
Ophrys araneola/litigiosa
Ophrys aranifera/sphegodes
Ophrys argensonensis
Ophrys bertolonii (aurelia)
Ophrys aveyronensis
Ophrys catalaunica
Ophrys drumana/saratoi
Ophrys exaltata
Ophrys incubacea
Ophrys ligustica/majellensis/sancti-caesari….
Ophrys magniflora
Ophrys massiliensis
Ophrys morisii
Ophrys occidentalis
Ophrys panormitana/praecox
Ophrys passionis
Ophrys provincialis
Ophrys splendida
Ophrys virescens
Ophrys des Olonnes
Ophrys de Saint Loup
Ophrys précoce du Gâtinais


Ensemble fuciflora
Ophrys annae
Ophrys demangei
Ophrys druentica
Ophrys elatior
Ophrys fuciflora
Ophrys gresivaudanica
Ophrys montiliensis
Ophrys montis-aviari
Ophrys souchei


Ensemble scolopax
Ophrys conradiae
Ophrys corbariensis
Ophrys philippi
Ophrys picta
Ophrys santonica
Ophrys scolopax

En fait, les deux phylogénies des Ophrys (Devey et al., 2008 et Breitkopf et al., 2015), ainsi que les données ADN chloroplastique (Henry, 2015), insèrent ces « bertoloniiformes » dans l’ensemble aranifera, .


Qu’il soit possible de définir des sous-ensembles parmi ces 10 groupes est vraisemblable, c’est par exemple ce que disent les séquences ADN chloroplastiques :
- Les Ophrys aymoninii et subinsectifera semblent posséder un ADN chloroplastique un peu différent de celui d’insectifera, suggérant un haplotype chloroplastique en cours de diversification.
- Les Ophrys bombyliflora et tenthredinifera présentent des ADN chloroplastiques très sensiblement différents.
- Les pseudophrys ont permis d’observer deux haplotypes chloroplastiques différents.
- La même observation (deux haplotypes chloroplastiques) est valable pour l’ensemble aranifera avec les Ophrys aranifera, aveyronensis, splendida et morisii présentant un ADN chloroplastique bien distinct de celui des autres Ophrys (ce second sous-ensemble incluant les « bertoloniiformes ») pour lesquels des séquences ADN chloroplastique ont été déterminées.
- A l’opposé, les Ophrys fuciflora et scolopax présentent le même ADN chloroplastique, suggérant qu’ils ont eu un même géniteur femelle (donneur du « cytoplasme). Il est donc très vraisemblable que ces deux ensembles d’Ophrys aient eu un pollinisateur différent.

Tout cela ne signifie pas que tout est dit dans le genre Ophrys, loin de là. Si les données actuelles suggèrent l’existence d’un petit nombre d’espèces dans ce genre, il me semble indispensable d’approfondir plusieurs points :
1) aucune donnée ADN actuelle (nucléaire ou chloroplastique) ne permet d’affirmer que les ensembles insectifera, tenthredinifera, speculum, pseudophrys, apifera, aranifera, umbilicata, scolopax et fuciflora, contiennent plusieurs espèces. Ceci est parfaitement cohérent avec le fait que l’observation de leur morphologie permet de classer les différents taxons au sein de ces ensembles. Mais est-ce la réalité ?
2) il sera nécessaire de préciser la position des Ophrys de la mouvance umbilicata, position qui n’est pas identique dans les deux phylogénies de référence (Devey et al., 2008 ; Breitkopf et al., 2015).
3) de la même manière il faudra tôt ou tard affiner les analyses ADN des Ophrys de l’imposant complexe aranifera, complexe qui regroupe de très nombreux avatars. Il s’agit du seul large ensemble à minuscule appendice.
4) affiner les analyses ADN des Ophrys de la mouvance fuciflora serait également souhaitable.
5) Enfin, clarifier les liens de parenté entre les pseudophys parait également indispensable.

Pour atteindre ces objectifs, plusieurs manières de procéder se présentent. En premier lieu identifier chez de très nombreux Ophrys, 5 à 10 nouvelles séquences, ce qui permettrait non seulement d’affiner les arbres phylogénétiques au sein des complexes les plus difficiles (pseudophrys, aranifera, scolopax, fuciflora, umbilicata), mais améliorerait la position des umbilicata. Il s’agit d’un important travail, mais ce n’est pas cette voie qui devrait être privilégiée notamment pour les plus larges complexes. En effet, les nouveaux outils (next generation sequencing) actuellement mios en oeuvre amèneront à de meilleurs résultats dans un délai plus raisonnable. Enfin, il va falloir développer dans le genre Ophrys des travaux utilisant les connaissances actuelles concernant les variations du nombre de copies de séquences ADN (ou CNV pour copy number variation) ainsi que l’épigénétique, dont tout le monde s’accorde à dire l’importance. En effet, d’une part nous savons chez les monocotylédones d’importance agronomique (blé, maïs, riz, orge) que certains caractères comme la taille, la précocité de floraison, la résistance aux maladies, la réponse aux contraintes environnementales, les variations phénotypiques, la durée de vernalisation, la tolérance à l’aluminium, le port de la plante, etc….., sont affectés par des variations du nombre de copies de gènes. Notons que ces CNVs sont plus présentes chez les espèces d’origine polyploïdes comme le sont nos Ophrys. Par ailleurs, la démonstration a été faite que si le génome, par sa séquence nucléotidique, code pour des gènes qui conditionnent le phénotype, le fait que cette séquence puisse être exprimée ou éteinte est régit par des contrôles épigénétiques. Il est désormais bien établi que ces mécanismes épigénétiques ont joué et jouent un rôle important dans les scénariis évolutifs. Les trop rares données épigénétiques chez les Orchidaceae concernent le genre Dactylorhiza, elles indiquent clairement que les mécanismes épigénétiques ont permis la spéciation de certains Dactylorhiza.

Une fois les données génétiques affinées, il sera très intéressant de confronter les phylogénies à de nombreux caractères morphologiques, écologiques et génétiques.

Quelle que soit la question que l’on veuille traiter, la démarche est la même : il est indispensable de bien se poser les questions, de bien formuler les hypothèses, puis de réaliser les bonnes expérimentations permettant de tester ces hypothèses. Personnellement ce serait plutôt du coté génétique pour moi, mais ce sera bien autre chose pour d’autres orchidophiles, et tant mieux. Ne croyez pas que les généticiens ignorent tous des autres. Pour ma part je respecte les hommes de terrain, pour la qualité de leurs observations, indispensables à la connaissance des Orchidées. J'ai beaucoup d'admiration par exemple pour l'énorme travail réalisé par JP Ring sur la macule. Il me semble aussi que les molécules attirant les insectes pollinisateurs peuvent être caractérisées au plan biochimique chez pas mal d’Ophrys, et les comparaisons de ces panels de molécules entre les divers Ophrys devront être confrontées aux phylogénies.
Il y a plusieurs voies pour faire avancer la connaissance.

HY
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jft2607
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyVen 27 Nov 2015 - 13:01

Je vais me plonger ds ce texte qui me paraît fort utile

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Jean-François
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Bifolia

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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptySam 28 Nov 2015 - 7:53

Un grand bravo bravo bravo bravo à HY qui nous présente à sa façon le résultat de travaux qui nous permettent un regroupement d'espèces décrites à ce jour et permet de "contrer" l'inflation du nombre d'espèces en Europe.

J'ai également eu la chance de pouvoir participer à une présentation d'un ami allemand, présentation de la variabilité des Serapias cordigera du Maroc à la Turquie en passant par le Portugal, l'Espagne, la France, l'Italie et les nouveaux pays de l'ex-Yougoslavie. Présentation durant cette soirée de résultats d'analyses discriminantes permettant également grâce à la morphologie de regrouper mais également de bien scinder Sérapias cordigera des autres Serapias d'Europe.

La génétique mais également les études morphologiques permettent une simplification/ diminution du nombre d'espèces qui est certainement aujourd'hui la voie à suivre...

Bifolia

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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptySam 28 Nov 2015 - 22:28

Merci HY pour cette clarification.

Pourrais-tu aussi, brièvement, car je suppose que ce n'est pas enseigné à l'école (de nos jours), ce que recouvre l'épigénétisme? tu l'as déjà fait par ailleurs, mais cette notion reste assez floue, pour moi du moins. (je n'ai pas honte de le reconnaître!).

Merci,

Olivier
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 29 Nov 2015 - 17:14

Pour répondre à Olivier : l'épigénétique est enseignée à l'université.

L’épigénétique est l’analyse des changements de l’activité des gènes, donc de la variabilité dans l’expression du génome. Retenons que certaines modifications chimiques sont considérées comme des marques épigénétiques déposées autour de l’ADN ou sur l’ADN comme respectivement l’acétylation des queues histones (acétylation = forte expression du gène, désacétylation = inactivation du gène) et la méthylation des cytosines (méthylation = répression transcriptionnelle, déméthylation = expression).
Les modifications épigénétiques, en contrôlant l’activité de gènes, jouent un rôle dans l’adaptation des plantes à leur environnement, et réciproquement l’environnement est susceptible d’affecter ces marques épigénétiques.
Le phénotype (l’apparence) résulte de l’expression ou non de certains gènes, il est donc susceptible d’être modifié par des mécanismes épigénétiques. La stabilité de certaines marques épigénétiques présente une hérédité, mais cette stabilité n’est pas définitive..

Pour plus de détails, je renvoie
1) dans un article publié en 2014 dans Journal Europäischer Orchideen 46 (2): 305-380. « Depuis assez longtemps, le postulat était que les principales sources de variabilité génétique consistaient en variations de l’ADN résultant soit de polymorphisme nucléotidique (ou SNP pour Single Nucleotide Polymorphism), soit d’insertions-délétions (ou indels pour insertion-délétion) de très courtes séquences (en général quelques paires de bases). Nous savons désormais depuis une bonne dizaine d’années, que deux autres sources de variabilité génétique doivent été prises en compte: les variations du nombre de copies de séquences ADN - pouvant inclure des gènes - (ou CNV pour copy number variation) sources de variabilité dans la structure des génomes, et le « monde » épigénétique, source de variabilité dans l’expression du génome. Il faut noter que, de façon très intéressante, ces deux sources de variabilité génétique sont sensibles à l’environnement. Etc…. ».
et 2) dans un article à paraître dans l’Orchidophile qui détaille des exemples de régulations épigénétiques régulant le développement floral des Orchidées.


amitiés


HY
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 29 Nov 2015 - 18:28

HY met un peu (beaucoup) de Science là où notre intuition nous conduisait à penser que beaucoup de la grande variabilité des phénotypes que l'on observe n'est due qu'à l'influence du milieu extérieur (température, nature du sol, hygrométrie,...) sur le génome. Ces phénomènes adaptatifs expliqués par HY devraient rendre les descripteurs un peu plus humbles et mesurés !! A quoi bon continuer de décrire de nouveaux taxons qui ne sont en fait que l'expression différente d'un même patrimoine génétique a un endroit donné (environnement) !!! Il n'y a pas besoin d'être un grand orchidophile (encore moins un grand scientifique) pour le comprendre !!
Quand on n'avait que nos yeux pour évaluer les différences (même infimes) on peut comprendre cette inflation de taxons, encore qu'un tout petit peu de sagesse pouvait laisser imaginer un peu de variabilité (qu'on observe souvent aussi au sein d'une population sur une même station)

Donc simplifions !! Où mettre le curseur ??  
Pour les Ophrys, cela parait "dérangeant" de ranger le groupe bertolonii dans la famille aranifera... même si c'est scientifiquement prouvé : il y a visuellement beaucoup plus de différence entre bertolonii et aranifera qu'entre demangei et fuciflora s.s !!!
Pour les dactylorhiza, cela ne me choque pas de n'en retenir que 4 ou 5 (sambucina, incarnata, les tétraploïdes des zones humides, maculata/fuchsii...)
Mais de grâce, arrêtons de décrire des nouveaux tenthred, des nouveaux lutea... des nouvelles nigritelles apomictiques... des nouveaux dactylo...
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 29 Nov 2015 - 19:20

HY a écrit:
Pour répondre à Olivier : l'épigénétique est enseignée à l'université.

L’épigénétique est l’analyse des changements de l’activité des gènes, donc de la variabilité dans l’expression du génome. Retenons que certaines modifications chimiques sont considérées comme des marques épigénétiques déposées autour de l’ADN ou sur l’ADN comme respectivement l’acétylation des queues histones (acétylation = forte expression du gène, désacétylation = inactivation du gène) et la méthylation des cytosines (méthylation = répression transcriptionnelle, déméthylation = expression).
Les modifications épigénétiques, en contrôlant l’activité de gènes, jouent un rôle dans l’adaptation des plantes à leur environnement, et réciproquement l’environnement est susceptible d’affecter ces marques épigénétiques.
Le phénotype (l’apparence) résulte de l’expression ou non de certains gènes, il est donc susceptible d’être modifié par des mécanismes épigénétiques. La stabilité de certaines marques épigénétiques présente une hérédité, mais cette stabilité n’est pas définitive..

Pour plus de détails, je renvoie
1) dans un article publié en 2014 dans Journal Europäischer Orchideen 46 (2): 305-380. « Depuis assez longtemps, le postulat était que les principales sources de variabilité génétique consistaient en variations de l’ADN résultant soit de polymorphisme nucléotidique (ou SNP pour Single Nucleotide Polymorphism), soit d’insertions-délétions (ou indels pour insertion-délétion) de très courtes séquences (en général quelques paires de bases). Nous savons désormais depuis une bonne dizaine d’années, que deux autres sources de variabilité génétique doivent été prises en compte: les variations du nombre de copies de séquences ADN - pouvant inclure des gènes - (ou CNV pour copy number variation) sources de variabilité dans la structure des génomes, et le « monde » épigénétique, source de variabilité dans l’expression du génome. Il faut noter que, de façon très intéressante, ces deux sources de variabilité génétique sont sensibles à l’environnement. Etc…. ».
et 2)  dans un article à paraître dans l’Orchidophile qui détaille des exemples de régulations épigénétiques régulant le développement floral des Orchidées.


amitiés


HY

Merci pour cette mise au point qui reste sans doute, franchement, du moins hermétique, sinon ésotérique, pour plusieurs ophrysiens.
Je n'ai pas tout capté... Mais j'ai compris ce que signifiait ce mot, et c'est un beau départ.
Et sans doute, qu'avec plusieurs relectures...
Et je partage totalement la conclusion de mon confrère (Guy), et d'autres intervenants sur ce site (Félix, par exemple).

Bonne semaine à venir pour tous.

Olivier

(Temps moche, donc pas de photos des Gentianes ce jour; demain, ce devrait être plus favorable)
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 29 Nov 2015 - 19:32

Juste un petit mot effectivement sur le fait que le groupe bertolonii paraît assez différent du reste de l'ensemble aranifera, MAIS :
1) comme me le signalait JP Ring, spécialiste incontesté de la macule, l’observation exceptionnelle d’Ophrys aranifera possédant une macule bertoloniiforme est un argument fort pour les rapprocher. JP dit également que : "tout laisse à penser que les macules plus évoluées de type bertoloniiforme, sont plus récentes que les macules de plan fondamental à trois segments observables chez aranifera".
2) les bertolonii ont le même ADN chloroplastique que l'un des deux haplotypes du complexe sphegodes (Ophrys ferrum-equinum, cornuta, lunulata, reinholdii, mammosa, incubacea, araneola, gortynia, panormitana, exaltata et garganica).


Tout suggère une appartenance des bertoloniiformes au complexe aranifera, mais ce que nous ignorons encore ce sont les mécanismes qui font que si leur génome parait proche, leur morphologie elle, est clairement différente. Donc, ici comme dans ce que je signalais ces jours derniers,
- faut-il rechercher d'autres gènes qui diffèrent plus par leurs séquences nucléotidiques ?
- faut-il rechercher d'autres sources de variabilité génétique (variations du nombre de copies de séquences ADN ou CNVs, modifications épigénétiques) susceptibles d'expliquer ces différences ?

Pour répondre au commentaire de GL : Pour les Ophrys, cela parait "dérangeant" de ranger le groupe bertolonii dans la famille aranifera... même si c'est scientifiquement prouvé : il y a visuellement beaucoup plus de différence entre bertolonii et aranifera qu'entre demangei et fuciflora s.s.

On sait à contrario qu'il existe plus de différences entre les génomes de deux pygmées africains qu'entre un européen et un asiatique.....Donc ce n'est pas parce que deux organismes se ressemblent plus que leurs génomes ne sont pas très différents....

Je ne dis pas ça juste pour contrarier, pas du tout, mais simplement pour faire réfléchir, en soulignant la difficulté des questions en biologie, et aussi pour expliquer toute la difficulté qui existe à faire le lien entre l'observation morphologique et l'analyse génétique (et par voie de conséquence à déterminer ce que pourrait bien être "une espèce").

HY






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ClaudeVincent
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 EmptyDim 29 Nov 2015 - 21:27

Cette discussion "Ophrys & épigénétique" est d'ores et déjà passionnante et donc je me suis fais une petite "compil" que je mets à votre disposition, ici en PDF, attachée au message pour ceux qui auraient des difficultés.
Je la réactualiserai si nécessaire.

Grand merci à Yves.
Merci à Olivier, pour la question que d'aucun se posait, mine de rien...
Merci à Guy, pour son commentaire.

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Dernière édition par ClaudeVincent le Jeu 3 Déc 2015 - 18:00, édité 2 fois
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MessageSujet: Re: taxons depuis delforge 2005   taxons depuis delforge 2005 Empty

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