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Philippe
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le Jeu 19 Déc 2013 - 8:25
Bien sûr qu'elle l'est mais sa valeur est moindre que celle d'autres caractères.
C'est toujours pareil : sait-on exactement ce qu'on doit étudier ?

Pour ce qui est de la phrase d'Olivier "la morphologie résulte de la génétique", je pense que dans certains cas c'est l'inverse.
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le Jeu 19 Déc 2013 - 8:56
Philippe a écrit:Bien sûr qu'elle l'est mais sa valeur est moindre que celle d'autres caractères.
C'est toujours pareil : sait-on exactement ce qu'on doit étudier ?

Pour ce qui est de la phrase d'Olivier "la morphologie résulte de la génétique", je pense que dans certains cas c'est l'inverse.

C'est l’œuf et la poule, Philippe, ...

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le Jeu 19 Déc 2013 - 10:15
On sent bien à travers tous vos propos que les réponses à nos interrogations ne sont pas pour demain!!!!

Ouf ça laisse la place au débat sur le forum  cheers  cheers  cheers  cheers  cheers  cheers

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Jean-François
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le Jeu 19 Déc 2013 - 10:38
Les traitqs génétiques d'une espèce/d'une population sont surtout dûes à la situation géographique (par ex : séparation de 2 pops par une barrière naturelle), écologique (ségrégation par un type de milieu), phénologique (dates de floraisons, reproduction) et finalement chez les orchidées et autres plantes à fleurs par les pollinisateurs. Ces paramètres peuvent entraîner des spécialisation comme l'inverse. La morphologie est probablement issue de tous ces facteurs, qui induisent forcément des différences génétiques.

Les différents taxons/génotypes actuels(quel qu’ils soient) ont évidement été influencé par les évolutions climatiques et géographiques qu'il y a eu par le passé, par exemple le phénomène des cycles des glaciations du Quaternaire, très marqué en Europe et au niveau des Alpes.

Les différences génétiques prennent généralement du temps à s'accentuer, mais globalement on sait que ça va plus vite dans le cas de populations isolées (dérive génétique, selon les paramètres cités ci-dessus).
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le Jeu 19 Déc 2013 - 13:47
Hors-sujet.. je sais  Suspect Suspect Suspect Suspect 
Mais ce fil de discussion m'a fait penser a ce document sur les oiseaux…. et la génétique. Tout cela est du domaine du "vivant" donc forcément assez proche quelque part.
Evolution "en anneau" d'une espèce de Pouillot  geek geek 

http://sciencetonnante.wordpress.com/2010/09/24/le-fabuleux-destin-du-pouillot-verdatre/

Pierre
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le Jeu 19 Déc 2013 - 18:40
Histoire d'améliorer la compréhension du phénomène un récent hors série de pour la science est sorti.
Le titre parle de lui même (on est pas dans la M.....)

http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/d/dossier-ce-mois-ci.php
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le Jeu 19 Déc 2013 - 18:57
Intéressant débat.

Je commence par répondre à Philippe. J’ai toujours fait beaucoup de sport, et comme par hasard, j‘ai plein de copains prof de gym, j’en ai un qui vient d’écrire son premier roman, un autre qui fait de l’équitation à très haut niveau, un autre qui est comédien, et j’en ai même un qui a assuré prof de gym et prof de français dans les mêmes établissements, mon épouse a débuté infirmière en salle d’opération, elle a fini directeur d’hopital, et j’ai bien aidé un petit technicien INSERM du labo à passer sa thèse pour faire un post-doc à Pasteur, alors zéro complexe. La preuve absolue que tu n’es pas un con tient au fait que tu te poses des questions. Si tu n’es pas généticien, il n’y a là rien de grave, tu as manifestement bien d’autres qualités.
Ca n’est pas une déclaration d’amour, simplement du bon sens, les généticiens abordent les questions comme des généticiens. Il me semble que découper en écologie, morphologie, phénologie pour tenter de déterminer ce qui est ou non génétique n’est pas le bon chemin. Nous sommes désormais loin du postulat (abandonné) un gène - une protéine de nos lointaines études. En troisième cycle, la génétique quantitative postulait phénotype = génotype + environnement, ça c’est de plus en plus vrai.
Prenons la morphologie : bien sur que la forme de la feuille ou les organes de la fleur ont une composante génétique (au sens de gènes importants pour), mais il existe une pelletée de ces gènes qui présentent une régulation épigénétique (éteints ou sous exprimés du fait de méthylation des cytosines ou de modifications des queues histone). Revenons sur les CNVs (variations du nombre de copies de séquences ADN) : plus un génotype de blé contient de copies du gène Rht-D1b, plus le blé est nain. Pour la phénologie, si l’on s’intéresse à la floraison, plus il y a de copies du gène Ppd-B1 (modifiant la réponse à la photopériode) chez le blé tendre, plus il fleurit tôt. De même plus il y a de copies du gène Vrn-A1 (perception des besoins en froid), plus le blé doit subir longtemps du froid pour pouvoir fleurir. Donc oui, génétique (épigénétique incluse) et environnement font bon ménage pour donner des explications cohérentes du phénotype. Les données relatives à la comparaison de la même plante sous deux environnements différents seront intéressantes. Les maïs poussant dans le même sol stérilisé ou non se révèlent bien différents.
Un autre point, non, il ne faut pas choisir des caractères prioritaires, de cette façon et selon les choix réalisés, on obtient des phylogénies qui vont dans le sens de ce que l’on veut montrer. Par contre il faut choisir pour les phylogénies des gènes en fonction des objectifs recherchés : gènes à évolution lente pour une phylogénie des familles, gènes chloroplastiques pour rechercher les parents donneurs de cytoplasme, gènes à évolution rapide (type ITS1-5.8S rRNA-ITS2) pour des phylogénies à l’échelle du genre ou de l’espèce. C’est ce que font tous les auteurs sérieux, qui y ajoutent le bon choix des groupes extérieurs (pour enraciner les arbres), le plus grand nombre possible d’échantillons (on ne peut traiter des Ophrys en se contentant de 7 ou 8). Un dernier exemple, l’utilisation de gènes présents en plusieurs exemplaires (2 et plus) pour réaliser une phylogénie est probablement inadaptée, dans la mesure où les copies conservées ne seront pas les mêmes pour toutes les espèces, et dans certains cas du fait de l’histoire évolutive complexe de certains gènes. Etc……

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le Jeu 19 Déc 2013 - 18:58
Félix-B a écrit:Les traits génétiques d'une espèce/d'une population sont surtout dues à la situation géographique ...

La morphologie est probablement issue de tous ces facteurs, qui induisent forcément des différences génétiques.

Question: Est-ce bien comme cela ?

En tant que novice, si je prend D. fuchsii dans différents milieux, la morphologie sera différente:

- En plaine les plantes seront fortes alors qu'en montagne, elles ne mesurent que 25-30 cm
- Dans un lieu humide, la plante sera forte alors qu'en bordure de forêt elle sera plus fluette
- etc...

Et au niveau génétique toutes les plantes sont semblables.

Donc une génétique identique ne donne pas une morphologie identique ?

Bifolia
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le Jeu 19 Déc 2013 - 19:07
HY a écrit:Intéressant débat.

Un autre point, non, il ne faut pas choisir des caractères prioritaires, de cette façon et selon les choix réalisés, on obtient des phylogénies qui vont dans le sens de ce que l’on veut montrer.  Par contre il faut choisir pour les phylogénies des gènes en fonction des objectifs recherchés : gènes à évolution lente pour une phylogénie des familles, gènes chloroplastiques pour rechercher les parents donneurs de cytoplasme, gènes à évolution rapide (type ITS1-5.8S rRNA-ITS2) pour des phylogénies à l’échelle du genre ou de l’espèce. C’est ce que font tous les auteurs sérieux, qui y ajoutent le bon choix des groupes extérieurs (pour enraciner les arbres), le plus grand nombre possible d’échantillons (on ne peut traiter des Ophrys en se contentant de 7 ou 8).

HY

voilà, c'est ça que m'avais expliquer la généticienne...
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le Jeu 19 Déc 2013 - 19:08
Bifolia a écrit:
Félix-B a écrit:Les traits génétiques d'une espèce/d'une population sont surtout dues à la situation géographique ...

La morphologie est probablement issue de tous ces facteurs, qui induisent forcément des différences génétiques.

Question: Est-ce bien comme cela ?

En tant que novice, si je prend D. fuchsii dans différents milieux, la morphologie sera différente:

- En plaine les plantes seront fortes alors qu'en montagne, elles ne mesurent que 25-30 cm
- Dans un lieu humide, la plante sera forte alors qu'en bordure de forêt elle sera plus fluette
- etc...

Et au niveau génétique toutes les plantes sont semblables.

Donc une génétique identique ne donne pas une morphologie identique ?

Bifolia

dans ce cas oui vu que les conditions stationelles n'ont rien à voir...
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le Jeu 19 Déc 2013 - 19:10
HY a écrit: il existe une pelletée de ces gènes qui présentent une régulation épigénétique (éteints ou sous exprimés du fait de méthylation des cytosines ou de modifications des queues histone). Revenons sur les CNVs (variations du nombre de copies de séquences ADN) : plus un génotype de blé contient de copies du gène Rht-D1b, plus le blé est nain. Pour la phénologie, si l’on s’intéresse à la floraison, plus il y a de copies du gène Ppd-B1 (modifiant la réponse à la photopériode) chez le blé tendre, plus ...........

Ben là j'ai zappé la suite car mon pauvre cerveau de bac + 4 (ans de gonflage de ballons) ne me permet plus de comprendre.
Dans mes études de PDG (prof de gym) je me souviens d'un de mes profs qui disait :
Si un élève n'a pas compris vos explications, ce n'est pas parce qu'il est con, c'est juste parce que vous n'avez pas été capable de lui expliquer correctement, vous ne vous êtes pas mis à son niveau. Ce n'est pas l'élève qui est mauvais car il ne sait pas comprendre, c'est le prof qui ne sait pas expliquer.

Je vais appliquer cela dès demain matin à 8 h à la piscine avec mes élèves de 5eme SEGPA : tu ne sais pas nager, t'es trop nul ... oups pardon ..... c'est que je ne t'ai pas donné les bons exercices...

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le Jeu 19 Déc 2013 - 22:06
Par contre, la piscine est un très bon outil pour illustrer la théorie de Darwin sur l'évolution (seuls les êtres les mieux adaptés à leur environnement survivent...)
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le Jeu 19 Déc 2013 - 23:34
Merci Vincent (Bifolia) pour ton intervention:

la morphologie issue du génome reste bien entendu variable, sans que pour autant, comme tu le reconnais, on ne puisse pas identifier les représentants d'un même taxon (fuchsii, dans ton exemple; voire, à mon avis maculata).
Car, c'est aussi évident, les conditions extérieures (altitude, vent, température...) vont justement "conditionner" certains paramètres morphologiques:  mais on reste dans l'amplitude du taxon (sur sa taille plutôt que sur sa forme) et on peut donc le nommer.
Il n'y aura pas là de variations extrêmes:
Et elles ne seront (pour la plupart) que quantifiables (on reste sur la taille plutôt que sur la forme globale).
Telle pièce carré ne deviendra pas ovale, par exemple.
Bien sûr, sur des paramètres plus neutres (couleur des yeux ou des cheveux, forme de zones restreintes et non forme globale, etc.) des différences sont possibles.
Mais je pense sincèrement que ces détails ont déjà été imprégnés en amont dans le génome.

Amicalement,

Olivier
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le Ven 20 Déc 2013 - 8:21
Merci Olivier, c'est plus clair pour moi et me conforte dans ce que je pensais.

Bifolia


Dernière édition par Bifolia le Sam 21 Déc 2013 - 20:19, édité 1 fois
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le Ven 20 Déc 2013 - 11:46
Une vidéo en rapport avec le sujet:

http://www.canal-u.tv/video/universite_de_tous_les_savoirs/vegetaux_diversite_hybridation.1295
(Plein de choses intéressantes sur ce site ...)

Je ne l'ai pas encore visionnée , déjà le résumé me donne mal à la tête

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le Ven 20 Déc 2013 - 15:34
Pour répondre au « Donc une génétique identique ne donne pas une morphologie identique ? » de Bifolia, génétique ce n’est pas seulement la succession des nucléotides de l’ADN, mais cela comprend également le fait que les gènes s’expriment ou non. Ca c’est régulé aussi par des facteurs épigénétiques (marques déposées sur l’ADN comme la méthylation des cytosines de cet ADN, ou marques déposées autour de l’ADN sur les queues histones –protéines qui aident à la compaction de l’ADN). Ce n’est pas parce que la succession des nucléotides de certains gènes (ex: ITS1-5.8S rRNA-ITS2) est la même que tout le reste de l’ADN s’exprime de la même manière.
Exemple : Les Dactylorhiza traunsteineri s.l. (2n=80), D. majalis s.str. (2n=80) et D. ebudensis (2n=80) proviennent de plusieurs d’hybridations indépendantes entre les deux mêmes parents D. fuchsii (2n=40) et D. incarnata (2n=40), hybridations associées à un doublement du nombre chromosomique - allopolyploïdisation - (Hedren et al., 2001). Malgré une origine relativement récente, les trois espèces sœurs allopolyploïdes présentent des phénotypes différents (Paun et al., 2010) ainsi que des écologies différentes et des répartitions géographiques différentes dans le nord-ouest de l’Europe (Paun et Chase, 2011). La variabilité épigénétique du génome de ces Dactylorhiza, analysée à l’aide d’enzymes sensibles à la méthylation de l’ADN, sépare clairement les trois espèces allopolyploïdes (Paun et al., 2010).

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le Ven 20 Déc 2013 - 15:51
En ce qui concerne le site :
http://www.canal-u.tv/video/universite_de_tous_les_savoirs/vegetaux_diversite_hybridation.1295

il apporte une information vulgarisée, mais pas tout à fait exacte : par exemple Amborella n’est pas l’ancêtre de toutes les Angiospermes, mais seulement un groupe frère (ou sœur) de toutes les autres Angiospermes. Votre sœur (ou votre frère) n’est pas votre ancêtre (c’est très rare…..), c’est pareil chez les plantes. De la même manière les Monocotylédones qui sont un groupe frère des Eudicotylédones, sont seulement plus récentes que les Magnoliidae.
Attention donc à l'interprétation des arbres.

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le Ven 20 Déc 2013 - 16:27
HY a écrit:
Exemple : Les Dactylorhiza traunsteineri s.l. (2n=80), D. majalis s.str. (2n=80) et D. ebudensis (2n=80)

ya un truc qui m'amuse et auquel aucun généticien n'a jamais été capable de répondre, et l'occasion est trop belle : ces généticiens que tu cites savent-ils exactement ce que sont les 3 espèces citées ? Se basent-ils sur des "on-dit" (j'ai étudié les plantes de telle station qu'on m'a dit être...) ou sur la population type de chaque espèce.
J'ai pu constater à de multiples reprises que tu avais qques problèmes au niveau de la taxinomie, voire même de l'atribution générique.
Donc quand on part sur des bases qui ne sont pas forcément exactes, comment peut-on arriver à ds résultats justes ?

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le Ven 20 Déc 2013 - 18:10
Rassure toi, Philippe, ce n'est pas moi qui ai défini les espèces. Voila les références
- Hedren M 2001 Systematics of the Dactylorhiza euxina/incarnate/maculata polyploidy complex (Orchidaceae) in Turkey: evidence from allozyme data. Plant Syst. Evol. 229: 23-44
- Paun O, Bateman RM, Fay MF, Hedrén M, Civeyrel L, Chase MW 2010 Stable epigenetic effects and adaptation in allopolyploid orchids (Dactylorhiza: Orchidaceae). Molecular Biology and Evolution 27(11): 2465-2473
- Paun O, Chase MW 2011 Epigenetic information – Unexplored source of natural variation. Lankesteriana 11(3): 319-324
-Paun O, Bateman RM, Fay MF, Luna JA, Moat J, Hedren M, Chase MW 2011 Altered gene expression and ecological divergence in sibling allopolyploids of Dactylorhiza (Orchidaceae). BMC Evolutionary Biology 11: 113

Il te reste à les (re)lire.

Je note que dans le dernier article cité, il est dit : "Before the transcriptomic analyses, each plant was genotyped using nuclear and plastid markers (following [49]) to confirm that it conformed to type.
49 = Pillon Y, Fay MF, Hedrén M, Bateman RM, Devey DS, Shipunov AB, van der Bank M, Chase MW: Evolution and temporal diversification of western European polyploid species complexes in Dactylorhiza (Orchidaceae). Taxon 2007, 56:1185-1208.
De plus, les articles sont soumis à des comités de lecture de plus en plus pointilleux, qui vérifient tout ce qu'ils peuvent. On passe rarement au travers des mailles de cette relecture critique lorsque l'on raconte des aneries.

La taxi(xo)nomie telle qu'elle a été le plus souvent pratiquée chez pas mal d'orchidées n'ayant longtemps pas eu comme but de reconstruire l'histoire évolutive, mais de permettre la reconnaissance des familles, genres, espèces, etc..., n'a pas mes faveurs comme tu as pu t'en apercevoir sans difficulté. Cela dit, ce n'est pas moi qui ai réalisé les travaux publiés sur les Orchidées européennes, je fais toute confiance pour ma part (et ce n'est pas ton cas) aux scientifiques (pas seulement généticiens) cités dans les quelques articles ci-dessus. Paun par exemple a travaillé avec l'équipe du professeur Soltis qui est ce que l'on fait de mieux au plan de la phylogénie des Angiospermes. J'ai aussi le sentiment que nos amis de Kew Gardens sont sérieux, puisqu'ils déposent leurs séquences dans GenBank et signalent leurs (rares) erreurs. Ca permet à chacun de vérifier si ce qu'ils ont dit se retrouve dans d'autres échantillons. Par ailleurs les quelques questions posées à Richard Bateman m'ont convaincu de son sérieux (lui aussi se pose des questions et est conscient des limites des outils actuels). Moi aussi je m'interroge, je me demande par exemple combien il existe réellement d'espèces d'Ophrys sur les plus de 250 présentement répertoriées par les taximaximalistes, y en a-t-il même dix d'espèces ? probablement même pas, alors quelques petites erreurs de nomenclature sur les 240 autres formes ne seraient pas pour me gèner.

Là n'est pas la question. La vraie, la bonne, n'a rien à voir avec la taxo(xi)nomie, c'est quels outils utiliser pour comprendre ces différences. C'est ce que j'avais essayé de faire passer comme idée dans la discussion : la génétique actuelle (épigénétique incluse) commence à bien comprendre les répercussions des conditions environnementales sur le fonctionnement et la structure du génome, même si ce n'est pas simple à faire passer.

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le Ven 20 Déc 2013 - 19:58
HY a écrit:Moi aussi je m'interroge, je me demande par exemple combien il existe réellement d'espèces d'Ophrys sur les plus de 250 présentement répertoriées par les taximaximalistes, y en a-t-il même dix d'espèces ? probablement même pas, alors quelques petites erreurs de nomenclature sur les 240 autres formes ne seraient pas pour me gèner.

Mais quelle est ta définition de l'espèce ?

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le Ven 20 Déc 2013 - 22:31
Zinb a écrit:
HY a écrit:Moi aussi je m'interroge, je me demande par exemple combien il existe réellement d'espèces d'Ophrys sur les plus de 250 présentement répertoriées par les taximaximalistes, y en a-t-il même dix d'espèces ? probablement même pas, alors quelques petites erreurs de nomenclature sur les 240 autres formes ne seraient pas pour me gèner.

Mais quelle est ta définition de l'espèce ?

Dès lors qu' il n' y a pas une définition de l' espèce qui fasse consensus, chaque "orchidologue" aura sa propre classification des taxons décris répertoriés ; liste assortie d' un nombre non moins réduit de synonymes censés désigner les sujets dotés des mêmes caractères que le représentant du type. study
Parmi les amateurs orchidophiles, nous sommes également très nombreux à nous poser les mêmes questions.  scratch

Si les conditions fixées pour appartenir à une espèce peuvent faire l' objet d' une définition incontestable, cela implique de s' appuyer sur un système de référence unique d' étalonnage permettant un relevé des caractéristiques qui ne dépendent pas de l' opérateur, éliminant les interprétations possibles dans l' appréciation de ces caractéristiques.
Est-ce possible dans le domaine des êtres vivants ? scratch 
D' ailleurs cette définition doit-elle être universelle pour l' ensemble des genres ou modulable ?  sffler

Pour ma part je n' ai que des interrogations, et pas de réponses.  Basketball 

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le Sam 21 Déc 2013 - 10:16
Je reprends ici un article de Bateman, publié dans les Actes du 15è colloque de la SFO, Montpellier, 2010.
http://www.academia.edu/1175389/Conflicting_species_concepts_underlie_perennial_taxonomic_controversies_in_Ophrys

Il cite une étude qui a recensé pas moins de 26 concepts d'espèce. Mais ces 26 concepts reposent sur 3 critères, qui aboutissent à 3 grandes "familles" de concepts d'espèce :
- le concept diagnostic : basé sur la morphologie. Ce qui laisse beaucoup de place à l'interprétation personnelle (256 espèces pour Delforge, 19 espèces et 65 sous-espèces pour Pedersen et Faurholdt), et peut poser problème en cas de convergence évolutive.
- le concept biologique : basé sur l'isolement reproductif. Pour les Ophrys, c'est le fameux : "un pollinisateur, une espèce"... qui a ses limites (certaines "espèces" ayant plusieurs pollinisateurs).
- le concept phylogénétique : basé sur la monophylie. Bateman écrit que le principe de monophylie est intéressant pour aller jusqu'au genre, mais il a des doutes (il n'est pas le seul) sur sa pertinence pour aller jusqu'à l'espèce, car la monophylie ne peut pas prendre en compte les recombinaisons (hybridations) entre populations.

Personnellement, dire qu'il n'y a "probablement même pas" 10 espèces d'Ophrys heurte ma perception, car nous évoquons tous ici à longueur d'année plusieurs dizaines de taxons que nous appelons espèces, et j'ai toujours été habitué à faire ainsi. Mais en même temps je considère que la notion d'espèce est une invention humaine (l'humain saucissonne le vivant, qui n'est pourtant que continuité), et que sa définition est donc arbitraire, donc je m'efforce d'accepter que l'on puisse avoir une conception différente de la mienne, dans laquelle le nombre d'espèces d'Ophrys serait effectivement d'une dizaine ou moins.

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le Sam 21 Déc 2013 - 10:38
J'ai écrit en même temps, mais je constate que nous sommes d'accord sur l'essentiel, il faut bien les mettre à un niveau quelquonque ces traxons qui se ressemblent tant, pourquoi pas l'espèce faute de mieux.

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PS je prends le temps de répondre sur moins de 10 vraies espèces chez les Ophrys.
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le Sam 21 Déc 2013 - 10:53
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le Sam 21 Déc 2013 - 10:55
je suis tout a fait en accord avec Alexandre et Géo ...... toutes les interprétations sont possibles....cependant rappelons nous que le naturaliste est d'abord un homme de terrain ...pour la botanique l'outil de terrain c'est la flore ! et pas le labo mobile qui permettra l'analyse génétique!!!!
J'attends donc des généticiens qu'il me disent que les deux taxons que j'ai séparé au vu des observations morphologiques certaines appartiennent génétiquement à la même espèce! sans l'ombre d'un doute !!!!en attendant il y aura encore pour un moment bien plus de 10 espèces d'ophrys!

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Etudes génétiques - Page 2 Empty Re: Etudes génétiques

le Sam 21 Déc 2013 - 11:24
Le problème des 10 espèces d'Ophrys c'est que certains regroupent sous le nom d'espèce ce qui est en fait une "super-espèce", un "groupe d'espèces".
Mettre dans le même panier arachnitiformis et splendida pour moi relève de l’hérésie car même si je ne les vois pas tous les jours (loin de là) j'arrive à les reconnaître.
Même incubacea et provincialis... j'y arrive.

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