Le génome de Phalaenopsis equestris

Le génome de Phalaenopsis equestris vient d'être pubié (on line) le 24 novembre 2014 dans la revue Nature Genetics :

The genome sequence of the orchid Phalaenopsis equestris Cai J et al.

Phalaenopsis equestris possède 2n=28 chromosomes et son génome mesure 1086 Mb (soit environ 10 fois plus que celui d'Arabidopsis thaliana, mais seulement la moitié du maïs). L'analyse de la séquence montre 29431 gènes codant pour des protéines. 2497 familles de gènes sont plus grandes (plus nombreuses) chez P. equestris qu'elles ne le sont chez Arabidopsis, riz, ou vigne, et seulement 3 sont moins grandes.

Le génome de P. equestris porte les marques d'au moins une polyploidisation ancienne (autour de 150 millions d'années), et celles d'une polyploïdisation (l'euphémisme anglais est whole genome duplication) autour de 75,6 millions d'années, c'est à dire au moment de l'origine des plus anciennes Orchidaceae (ou juste après l'apparition des Apostasioideae).
Si cette dernière polyploidisation est sans effet sur l'évolution des gènes CAM (Crassulacean Acid Metabolism), elle a eu un effet sur la prolifération des gènes appartenant à la famille des MADS-box (gènes homéotiques), avec par exemple 4 gènes de classe B (ce qui a permis la spécification du labelle) et 3 gènes de classe C (origine du gynostème).

Pour plus de détails voir le PDF de l'article et le PDF-SI (Informations Supplémentaires).

Les bioinformaticiens comparateurs de génomes vont s'en donner à coeur joie.

HY

Je suis distrait, je lis 2n=38 et j'écris 2n=28 chromsomes pour P. equestris.

CORRECTION (je la mérite) 2n = 38 chromosomes

HY

Je n'ai pas le niveau pour assurer un cours de latin, cependant je me risquerai au :

errare humanum est perseverare diabolicum

directement intelligible par un non latiniste (ce qui est presque une faute pour un botaniste.....)


HY