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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Jeu 10 Jan 2008 - 14:11
J'ai lu avec attention, les derniers messages, écrits par Olivier et Chrisgir, à propos des espèces. study Avec un peu de difficulté pour certains passages , je l'avoue.
Je me permets de revenir à l'étape précédente de classification, qu'est le genre, parce que j'essaie de procéder de façon logique afin de mieux comprendre et interpréter vos sujets. Pour bien aborder les notions d'espèces et sous- espèces, j'aimerais déjà bien " configurer" la notion de genre, puisque les précédentes en découlent.

Pour établir un genre dans la classification actuelle des orchidées, sur quels critères se base t'on ?
Je n'ai pas encore rencontré Orchis ustulata sur le terrain, que déjà on classe cette espèce dans le genre Neotinea ( article " l'orchidophile" de décembre dernier ) en raison d'études moléculaires récentes.
Dans quelles proportions attache t'on, à l'heure actuelle, de l'importance au phénotype par rapport au génotype, pour classer ?
Et si ces critères sont bien définis, est-ce réplicable de la même façon dans chaque genre?
Par rapport à la priorité du genre Neotina sur Orchis, pour l'exemple précis cité , on parle des cellules des parois des graines ...et on fait intervenir une conception monophylétique du genre pour conclure.

Je vous remercie d'avance.

Philippe, tu peux classer cette question où bon te semble, merci aussi.

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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty Re: La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Jeu 10 Jan 2008 - 15:08
Il n'y a aucune différence entre la description d'un genre chez les Orchidées ou chez quelque autre famille de plantes.

Il est extrêmement important de garder en mémoire que les classifications supraspécifiques ne se basent sur aucun critère biologique. Seule l'espèce (au sens populationnel du terme) a une réalité biologique et évolutive. Certains auteurs (Brummitt, Horandl) argumentent en faveur des taxons paraphylétiques (voir plus bas) d'une manière biaisée, en attribuant (implicitement et de manière non justifiée) une valeur biologique aux genres., valeur qu'ils n'ont pas (un genre n'évolue pas, ce sont les taxons au sein de ce genre qui évoluent!)

Donc les genres ne servent qu'à classifier. Comme l'évolution fait bien les choses, les espèces proches ont généralement des caractéristiques morphologiques communes, ce qui fait qu'elles sont identifiables et régroupable au sein d'un genre. Mais aucune base biologique n'existe pour définir un genre.

Pour classifier évolutivement les espèces l'important est de mettre en évidence les relations vraies (généalogiques) et de se débarasser le plus possible des relations fausses (convergence). Le phénotype reflète plus directement les pressions de sélection que le génotype ce qui fait qu'il est plus sujet à la création de relations fausses que le génotype. Il faut donc chercher des marqueurs peu sensibles à la sélection, ces marqueurs sont des gènes dits neutres (leur évolution se fait presque au hasard). On cherche donc à établir les relations entre les individus grâce à ces marqueurs.

On modifie la classification linnéenne de manière à obtenir des ensembles généalogiquement cohérents, appelés clades. Un tel ensemble cohérent génétiquement constitue un groupe monophylétique. Un ensemble ne satisfaisant pas ces conditions est dit paraphylétique

Puisqu'on peut placer les limites génériques de manière arbitraire, deux règles sont établies :
il faut que les groupes définis soient monophylétiques
on cherche à faire en sorte que le minimum de modification nomenclaturales soient nécessaires.

En l'occurence, pour en revenir à Neotinea ustulata, les travaux de phylogénie moléculaire ont montré que Orchis ustulata et les espèces proches étaient plus proches des Neotinea que des autres Orchis s.s (simia, militaris). En vertu de ces deux règles ci-dessus, les espèces du groupe ustulata ont donc été recombinées au sein du genre Neotinea.


J'espère avoir été assez clair. Je travaille actuellement sur un papier (en collaboration avec d'autres botanistes) qui explicitera un peu plus les bases de la classification phylogénétique et exposera les changements intervenus dans la délimitation des genres et des familles de plantes en France, sur la période 1990-2008. Il y a beaucoup de boulot encore à faire, donc ca ne sortira surement pas avant début 2009.

N'hésitez pas à me demander de préciser ce qui n'est pas clair, dans ce message ou dans les précédents sur les espèces.

Bien cordialement

Christophe Girod
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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty Re: La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Jeu 10 Jan 2008 - 15:24
Oui merci Chrisgir. Cette réponse est claire.

J'avais une ou deux questions par rapport à des termes employés lors du sujet sur les espèces, qui semblait moins clair en ce qui me concerne, par rapport aux termes complexes employés sur certains passages.
Je pense vous les poser dans la rubrique adéquate , quand j'aurais plus de temps.
Je vous remercie pour cette intervention et je pense que votre ouvrage prévu pour 2009 m'intéressera fortement, en temps voulu.
Cordialement.
Valérie.

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chpresson
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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty Re: La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Jeu 10 Jan 2008 - 19:39
Au niveau des genres (pour l'ensemble de la botanique), il y a des
mises
à jour, qui se servent de données analytiques récentes.(Amélioration
des outils d'évaluation). Mais au-dessus des genres, il y a les
familles.
Je me souviens de beaucoup de discutions sur "Tela"
concernant la place des genres dans les familles. Il y a ici en
fonction des "écoles" des positions assez divergentes.
Comment se positionner, sur une famille, un genre, tant il peut quelquefois y avoir d'avis différents ?
J'observe
que sur les "Orchidées" les mises à jour des genres paraissent plus
nombreuses que pour les autres familles. Cette "famille" serait-elle en
pleine évolution, ou l'humain n'aurait-il pas discerné correctement ses
critéres de définition des taxons ?
Ceci dit pour un néophyte comme moi cela devient de plus en plus déroutant.
Que comprendre, que peut-on accepter, parmi ces dialectiques qui
quelquefois sont loin d'être admises par l'ensemble des "experts" !!
Le genre Ophrys maintenant me paraît particuliérement inaccessible.
Cela me permet de mieux comprendre qu'au cours d'une sortie
orchidophile avec T. Pain il ne souhaitait pas se prononcer sur le
statut "Hybrides" et de qui ?" ou d'un Taxon particulier.

Bien amicalement.
Christian
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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty Re: La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Jeu 10 Jan 2008 - 22:29
chpresson a écrit:. Il y a ici en
fonction des "écoles" des positions assez divergentes.
Comment se positionner, sur une famille, un genre, tant il peut quelquefois y avoir d'avis différents ?
Ceci dit pour un néophyte comme moi cela devient de plus en plus déroutant.
Cela me permet de mieux comprendre qu'au cours d'une sortie
orchidophile avec T. Pain il ne souhaitait pas se prononcer sur le
statut "Hybrides" et de qui ?" ou d'un Taxon particulier.


Oui, tu as raison Christian.
Et on entrevoit ceci, à travers les différents sujets de ce forum, relatant des notions d'espèces, de sous espèces et donc de genre puisque Chrisgir , nous explique " le calque " de classification entre ces différents niveaux .
Tout dépend des définitions et des règles appliquées par chacun et cela effectivement, me semble complexe aussi et ne me donne à ce jour, pas encore le droit, car je n'ai pas les moyens, d'opter ( et je me souviens de la petite discussion avec Olivier...Very Happy à propos de mon choix ).

Par ailleurs, les propos exposés par Chrisgir, en réponse à ma question, ont l'avantage d'être clairs et de me donner une compréhension " panoramique " des choses.
Celle de la notion de phylogénétique et des tendances évolutives qui " gravitent " autour et je l'en remercie encore.



Bonne soirée .

Valérie.

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Anonymous
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La logique de création d'un genre en orchidophilie Empty Re: La logique de création d'un genre en orchidophilie

le Ven 11 Jan 2008 - 9:02
En fait, à partir du moment où on admet (comme je le fais), que le genre et la famille n'ont qu'une fonction pratique de classification, la problématique des changements nomenclaturaux est plus facile à encaisser : cela revient à changer le taxon de case, sans que son identité propre ne soit changée.

En ce qui concerne les Orchidées, l'article de Devey sur les Ophrys (je poste un résumé détaillé avec un commentaire dans la matinée sur le forum) est extrêmement intéressant au sujet de l'évolution, car il montre clairement ce qu'on perçoit empiriquement sur le terrain : il s'agit d'une famille en pleine évolution à l'heure actuelle, au sein de laquelle on ne peut discerner les phénomènes de spéciation ou d'introgression (hybridation de deux génômes, de façon répétée) qui se déroulent.

D'une manière générale, on ne peut constater un phénomène de spéciation qu'après coup, une fois que celle ci est quasi terminée. L'exemple des Ophrys est là pour nous le rappeler.
Pour ce qui est des propositions de taxonomie sur les Ophrys, voir dans le sous forum Ophrys le sujet sur l'article de Devey.

Cordialement,
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