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jft2607
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MessageSujet: Article du JEO   Article du JEO EmptySam 15 Oct 2011 - 18:46

A la demande d'olivier Gerbaud je vous livre cet article en suivant le lien ci dessous:

http://jf.tisserand.free.fr/Lowe_Pseudophrys_JEO%2043-3_455-497_20111.pdf

je laisse à olivier le soin de vous en dire plus (ça évitera que je dise des bêtises lol!)

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Jean-François
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gratien

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptySam 15 Oct 2011 - 21:00

ça, c'est du lourd, Rolling Eyes je viens de jetter un coup d'oeil tranversal... merci Olivier et Jean François ! Je relirai ça demain à tête reposée study
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptySam 15 Oct 2011 - 22:56

C'est un article que j'avais déjà évoqué sur notre forum,
(Je crois sur les cartes fusca de Pierre-Michel)
et j'attendais sa publication pour le mettre en ligne.
C'est le second article de Michael Lowe, un auteur anglais
(et oui, ni belge, ni allemand, et ni français),
qui semble bien connaître son sujet.
(Jean-Pierre est d'accord?) Il a déjà publié depuis plusieurs années sur le sujet et la région)
C'est en fait le second article d'une série annoncée.
Comme j'ai aussi le premier PDF de dette série, j'ai proposé à Jean-François
de faire coup-double.
Dans ce second article, M. Lowe rejoint les conclusions d'Errol Vela et de R. Martin sur certains fusca et subfusca du Magrheb (dsont ils sont spécialisres) ... et que je partage
(cf. la présentation de notre escapade en Tunisie il y a un an).
Pour la France, et c'est important,
l'auteur rapporte bilunutala qu'aux plantes du Var et des Alpes-Maritimes,
celles à l'ouest du Rhône répondant à subfusca...
A vos avis...

NB/ Dans ce JEO très complexe (cf. l'analyse de Paulus sur les "fucifora" de Rhodes...),
il y a aussi l'expérience de J. Minasiewicz qui a replanté des Dactylorhyza dans son jardin.
Tilt: au bout d'un ou deux ans, les plantes n'ont plus le même aspect!!!
Alors oui, encore, la phénotypie est assez pauvre pour la classification.
(no comment superflus, j'ai déjà donné; d'abord le génotype; dans mon jardin, en trois endroits bien distincts, un cultivar de Gentiana ligustica n'a pas le même aspect, sauf sur les détails intimes... Loupe!).

Bon WE à tous,
je reste à votre disposition,

Olivier
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Philippe
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 7:41

Olivier GERBAUD a écrit:

l'auteur rapporte bilunutala qu'aux plantes du Var et des Alpes-Maritimes,
celles à l'ouest du Rhône répondant à subfusca...


c'est bien ce que j'ai compris mais quand même ??????

Si je suis Löwe :

Ophrys bilunulata (Var)
(au fait, il ne mentionne pas marmorata ???)

Article du JEO Obilunulata2

Ophrys subfusca (La Clape)

Article du JEO Omarmorata1

Ophrys subfusca ( Caeziella/gazella), Djebel zaghouan, Tunisie

Article du JEO Ophrys_gazella


scratch scratch scratch
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MessageSujet: Traduction...   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 11:12

Michael R.Lowe est également l'auteur de l'article "Orchideenaufzeichnungen aus Korsika" dans le JEO 26(1) 1994.

En attendant la traduction Anglais / Français de Philippe, sffler sffler sffler sffler sffler lol! lol! lol!

Je pensas bien faire en mettant un résumé en français...

Rhellicanus



Dernière édition par Rhellicanus le Dim 16 Oct 2011 - 17:41, édité 1 fois
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 11:20

j'ai aussi tenté une traduction via internet bof j'y comprends encore moins que dans la VO!! Article du JEO 179170

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Philippe
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 11:50

J'ai reçu aussi :

Observations récentes sur les Ophrys et hybrides de l'archipel maltais par Stephen Misud et Leslie Lewis pour ceux que ça intéresse
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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 14:43



J'ai confié le premier des articles de M. Lowe à Philippe
JF devait le mettre en ligne, via un lien,
mais il y a eu un raté (c'est ma faute, je lui ai envoyé le second derechef).

Je reste neutre sur le fonds de ces articles, même si j'ai mon opinion:
je demande pour lors la vôtre.
M. Lowe, voulait surtout séparer subfusca (qui ressemble maintenant peu à un subfusca au sens où nous l'imaginons, de murbeckii (numida, etc...).

Après, la photo de Philippe pour le bilunulata de la Clape (pourquoi pas marmorata, je ne sais pas; je suppose que M. Lowe s'est déjà étendu sur le sujet par le passé? Peut-être quand il a abordé lucentina - c'est vieux?):
photo pas trop typique à mon avis, qui ne peut écarter une intrusion de lutea?

Il faut prendre le temps de lire ces articles (sans se plaindre, pour une fois c'est pas en allemand!), et on en reparlera.

Bon dimanche,

amicalement,

Olivier
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 14:49

Rhellicanus a écrit:
la traduction googlesque du résumé en allemand
J'ai rien compris !!??? Question scratch
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Philippe
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 16 Oct 2011 - 17:28

voici le 1er auqueml fait référence Olivier
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 23 Oct 2011 - 10:36

Je lance la discussion, car j'ai beaucoup de points d'interrogation…

C'est un article dans une langue pas trop habituelle pour moi et il y a des subtilités dans le texte que je n'ai peut être pas saisies.

Des graphiques également qui pourraient être très explicite mais auxquels il me manque malheureusement quelques données. Que sont les valeurs F1 et F2 des analyses ainsi que les Dim1 et Dim2 que l'on trouve en Y et Y des graphiques ? On trouve dans l'article que ce sont des valeurs statistiques (Distance de Mahalanobis). Cela reste très vague et nécessiterait à mon avis un complément d'information.

Comme déjà mentionné par Philippe, Op.marmorata n'est pas mentionné dans cet article, qu'en sera-il de cette espèce vis-à-vis de Op.bilunulata et autres Ophrys du groupe fusca ? Pour la Corse, que trouve-on encore comme Pseudophrys ? Quel est l'avis des Ophrysiens du SUD (Berni, pmb, etc…)

Dans le cladogramme page 488, on y voit leucadica, bilunulata, subfusca et israelitica. Est-ce que ces trois type d'Ophrys sont-ils à un même niveau (espèce, sous-espèce, etc..) car on pourrait certainement subdiviser subfusca encore en deux pour être au même niveau hiérarchique ? Votre avis ?

Les données pour La Clape appartiennent à des stations connues, mais la Maison Forestière indiquée n'est pas celle dont l'on a l'habitude de visiter les alentours (bâtiment rasé actuellement), mais une autre plus à l'ouest. Les coins indiqués pour Rivesaltes, Ogliastro (Op.zonata) et Bugarach, sont également des biotopes pour moi connus, ceux du Var et des AM malheureusement pas.

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 23 Oct 2011 - 19:15

Quelques remarques (et réponses à Rhellicanus) sur ce sujet:
1) d'accord, les nombreux graphiques manquent fortement d'explications!
2) O. marmorata n'est pas cité, sans doute du fait que pour l'auteur sa pollinisation par A. flavipes n'est pas acquise (dans un des graphiques, celui de la p.490, O. marmorata est présenté ainsi)
3) j'ai toujours trouvé que les "bilunulata" du 06, voire du 83, étaient plus complexes (plus grands et plus proches de lupercalis) que ceux d'occitanie...
4) Le problème de Lowe, est qu'il ne se base que sur de la biométrie (des mesures brutes).
Peut-être (je dis bien peut-être) qu'il remarque que des plantes ayant des mensurations similaires existe de manière continue depuis le Maghreb jusqu'à La Clape, via la Sicile, etc... et que ces plantes sont toutes pollinisées par A. flavipes.
De ce fait (ce continuum), et qu'importe sa variabilité morphologique (hors la biométrie), il considére qu'il ne s'agit là que d'un seul taxon, qu'il nomme subfusca, et qui regroupe donc aussi O. caesiella et O. bilunulata d'occitanie.
Je ne partage pas ce point de vue!
Mais c'est ainsi que j'analyse (encore une fois peut-être à tort) sa démarche.

Olivier
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etienne

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 23 Oct 2011 - 21:11

Rhellicanus a écrit:

Des graphiques également qui pourraient être très explicite mais auxquels il me manque malheureusement quelques données. Que sont les valeurs F1 et F2 des analyses ainsi que les Dim1 et Dim2 que l'on trouve en Y et Y des graphiques ? On trouve dans l'article que ce sont des valeurs statistiques (Distance de Mahalanobis). Cela reste très vague et nécessiterait à mon avis un complément d'information.
Rhellicanus
Bonsoir,
Je vais essayer de donner quelques réponses à ces interrogations. scratch
les "discriminant analysis" sont l'équivalent d'une analyse en composante principale des 12 critères mesurés dans l'étude. Les axes F1 et F2 sont les 2 axes qui "expliquent" le plus la diversité des données, qui structurent le plus l'ensemble des données. Dans la figure 1, l'axe 1 explique 94% de la diversité et l'axe 2 seulement 4%. L'axe 1 est donc de loin le plus important pour ces données.
A quoi correspondent ces axes? Ce sont des combinaisons des 12 critères de mesures: un peu du critère 1, un peu du critère 2... Les "peu" changent d'un jeu de données à un autre et ils ne sont pas indiqués dans l'article.... Dans tous les cas, on ne peut pas les assimiler à la longueur du labelle ou à un autre critère mesuré. C'est une combinaison de l'ensemble de ces critères. scratch scratch

Les "multidimensional scaling" sont une autre manière de présenter les mêmes résultats que les "agglomerative hierarchical clustering": plus les échantillons sont proches dans les graphiques, plus ils sont similaires, plus ils se ressemblent.
La distance de Mahalabonis résume en un seul chiffre la similarité de 2 échantillons sur l'ensemble des critères. C'est sur la base de cette distance que les " agglomerative hierarchical clustering" sont construits. Le choix de la "bonne" distance est donc fondamental car il en existe de nombreuses.

voilà j'espère ne pas vous avoir endormi Sleep Sleep
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 23 Oct 2011 - 22:32

etienne a écrit:

Ce sont des combinaisons des 12 critères de mesures: un peu du critère 1, un peu du critère 2... Les "peu" changent d'un jeu de données à un autre et ils ne sont pas indiqués dans l'article.... Dans tous les cas, on ne peut pas les assimiler à la longueur du labelle ou à un autre critère mesuré. C'est une combinaison de l'ensemble de ces critères.
Comme pour vous, il me manque un petit truc pour bien comprendre à quoi correspond cet ensemble de données.

etienne a écrit:
La distance de Mahalabonis résume en un seul chiffre la similarité de 2 échantillons sur l'ensemble des critères. C'est sur la base de cette distance que les " agglomerative hierarchical clustering" sont construits. Le choix de la "bonne" distance est donc fondamental car il en existe de nombreuses.
Bien compris cela conforte ce que je pensais.

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etienne

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyDim 23 Oct 2011 - 23:57

Rhellicanus a écrit:
etienne a écrit:

Ce sont des combinaisons des 12 critères de mesures: un peu du critère 1, un peu du critère 2... Les "peu" changent d'un jeu de données à un autre et ils ne sont pas indiqués dans l'article.... Dans tous les cas, on ne peut pas les assimiler à la longueur du labelle ou à un autre critère mesuré. C'est une combinaison de l'ensemble de ces critères.
Comme pour vous, il me manque un petit truc pour bien comprendre à quoi correspond cet ensemble de données.
Rhellicanus

en fait, c'est la procédure d'analyse en composantes principales qui détermine ces "peu", pas l'auteur. Ces "peu" sont optimisés pour que l'axe 1 et l'axe2 expliquent un maximum de diversité. Il "suffit" donc de refaire l'analyse à partir du jeu de données pour avoir ces "peu".
Par contre, l'objectif de ce genre d'analyses est de montrer s'il est possible ou non de discréminer les différentes populations sur la base des critères mesurés, pas de savoir quels sont les critères les plus discréminants. Alors que c'est exactement ce qu'on recherche sur le terrain...

La conclusion de cet article c'est que, sur la base des 12 mesures faites, il n'est pas possible de distinguer statistiquement les plantes que l'auteur regroupe sous 'subfusca'. Ca ne veut pas dire qu'elles ne sont pas différentes. Juste que les 12 critères phénotypiques utilisés ne permettent pas de les distinguer. nuance....
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marchand olivier

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 9:07

Si les critères choisis au départ avaient-été différents le résultat aurait-il été lui aussi différent ?
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 10:20

Rhellicanus a écrit:

Dans le cladogramme page 488 (...)

Il est à noter que ces "cladogrammes" n'en sont pas. Ce sont des arbres hiérarchiques qui classifient "qui est plus proche de qui", d'après la mesure choisie (distance de Mahalanobis sur les 12 critères biométriques).

Je n'ai pas encore tout à fait fini de lire le second article, mais d'une manière générale, je me pose la question des limites de telles études basées uniquement sur la biométrie. Dire que tel et tel taxon sont la même espèce parce que leur labelle ont exactement la même forme, sans regarder la génétique (et donc l'histoire évolutive), me paraît un peu risqué : comment être sûr qu'il ne s'agit pas de deux espèces différentes (autrefois bien séparées) ayant convergé (phénotypiquement !) vers une même forme, par exemple par l'action sélective d'un pollinisateur commun ?
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 10:26

marchand olivier a écrit:
Si les critères choisis au départ avaient-été différents le résultat aurait-il été lui aussi différent ?

En théorie, oui : s'il n'avait pris que 6 critères, ou s'il avait pris uniquement des critères "végétatifs" (par exemple : taille de la plante), les résultats auraient été différents. Mais on ne sait pas dans quelle mesure. Peut-être que les différences auraient été minimes, ou au contraire énormes... Dans la mesure où il a quand même pris beaucoup de critères, qui décrivent assez complètement les fleurs, on peut penser que les résultats sont assez robustes. Manquent peut-être quand même des mesures des angles entre le lobe principal et les lobes latéraux du labelle, pour décrire plus complètement la variabilité des pièces florales ?
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MessageSujet: Pour moi pas...   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 18:41

Zinb a écrit:
Dire que tel et tel taxon sont la même espèce parce que leur labelle ont exactement la même forme, sans regarder la génétique (et donc l'histoire évolutive), me paraît un peu risqué
Pour moi pas, parce que si l'on étudie certains travaux "génétique", on mettrait par exemple Op.aranifera avec Op.araneola. Serait-ce correct ?

Gölz et Reinhard ont déjà au milieu des année 80 effectué des mesures et des analyses de ces mesures pour différencier certaines orchidées.

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Olivier GERBAUD
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 19:25

D'accord avec Zinb:
On a bien entendu là les limites de la biométrie seule (c'est encore plus flagrant avec les Dactylorhiza à mon avis...)
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 19:35

Rhellicanus a écrit:
Zinb a écrit:
Dire que tel et tel taxon sont la même espèce parce que leur labelle ont exactement la même forme, sans regarder la génétique (et donc l'histoire évolutive), me paraît un peu risqué
Pour moi pas, parce que si l'on étudie certains travaux "génétique", on mettrait par exemple Op.aranifera avec Op.araneola. Serait-ce correct ?

Bien d'accord, mais ce n'est pas parce que certains travaux de génétique (terme asez fourre-tout) sont discutables que les méthodes biométriques ne peuvent pas être discutable elles aussi. On peut commettre des erreurs méthodologiques quand on fait de la génétique tout comme quand on fait de la biométrie. La génétique a quand même permis de faire des découvertes surprenantes et complétement contre-intuitives d'un point de vue biométrique.
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyLun 24 Oct 2011 - 20:17

Bateman et d'autres ont étudiés la génétique du genre Ophrys justement parceque d'après eux les méthodes biométriques et morphométriques ne donnaient pas de résultats satisfaisants. Le problème est que les distances qui séparent les différents groupes de ce genre dans les arbres phylogénétiques sont tellement minces qu'il est difficile de les classer. Ils accordent plus d'importance aux phénomènes d'hybridation plutôt qu' à la spéciation adaptative dûe aux vecteurs de pollinisation. Ceci dit, ce sont des "joiners" qui voudraient réduire considérablement le nombre d' espèces. Pour revenir à l'article de Lowe, je pense que Ophrys subfusca est une boîte de Pandore, un foure-tout et chacun y va de sa classification...situation classique en l'occurence. Je voudrais que l'on m'explique de façon simple, car j'ai du mal à ingérer les graphiques et diagrammes, en quoi les bilunulata de Provence diffèrent tant de ceux des Corbières et d'Espagne qui eux seraient des subfusca ? L'O.murbeckii pourrait lui aussi faire partie du groupe de subfusca. J'avoue que tout cela me dépasse... scratch scratch scratch
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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyMar 25 Oct 2011 - 0:23

J'ai parcouru les deux articles de Lowe , merci pour la mise à disposition. Je les trouve plutôt bien faits et élégants dans leur démarche.
Effectivement (à moins que j'ai raté une explication du texte) l'auteur ne cherche pas à extraire des "marqueurs" pratiques pour distinguer les fleurs des différents "groupes" analysés (attention il colle les fleurs sur une surface plane et mesure avec une loupe X 10, c'est un peu plus dur que de le faire à l'oeil nu...).
Les bilunulata se distinguent très nettement des subfusca sur les fig 27 et 28. Quand on regarde les données brutes les subfusca sont toujours plus petits dans toutes les dimensions que les bilunulata (ceci pour rassurer Gratien : il y a bien des différences).
De là à déduire que les subfusca viennent d'Espagne et les bilunulata d'Italie...
Remarque sur ce type d'analyse : il n'a pas fait de l'analyse prédictive mais juste descriptive. Pour renforcer ses résultats, il aurait du recollecter une série supplémentaire de fleurs, et les classer (étape de validation prospective) en utilisant les équations trouvées dans la première étape : si c'est solide, les nuages ressortent au même endroit.

Les critiques générales sont évidemment sur la nature plus ou moins arbitraire des caractères mesurés (mais en génétique c'est le même problème, sauf si l'on trouve le gène de la longueur du labelle) et le choix pas obligatoirement arbitraire des fleurs mesurées (il n'y a pas de vrai aveugle, on peut donc imaginer qu'un expérimentateur un peu convaincu récolterait sans le vouloir les fleurs qui lui conviennent...). Le risque est que n'importe quel groupe de plantes puisse se distinguer d'un autre étant donné le nombre des données descriptives, on dispose de 12 descripteurs pour 450 ind subfusca ce qui est plutôt bien, mais seulement 35-40 israelitica ou leucadica.
L'intérêt d'un tel travail est de poser des hypothèses que l'on pourra ensuite tester par des méthodes similaires ou en ajoutant la génétique. C'est ce qu'il dit au début de son article. Il ne faut pas le prendre pour plus.

Christian








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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyMar 25 Oct 2011 - 0:27

D'accord avec Jean-Pierre,
mais j'ai du mal à le traduire par écrit...
(et je vais m'absenter un peu, besoin de souffler, et de préparer le départ, donc pas le temps. il y aussi les Gentianella et l'ouvrage de notre groupement à finaliser, plus les résumés de parutions - dont ce fameux JEO -, et un article en cours pour l'Orchidophile.
J'oublie les demandes des uns ou des autres pour des sorties pour l'an prochain, ou encore mon ami Guy avec un éssai dont il vous parlera sans doute un jour... ).
Peut-être que l'analyse de Lowe s'étend sur une surface trop grande pour répondre à la biométrie?

L'analyse de murbeckii pour la Tunisie me semble très juste.
Pour caesiella vs subfusca, je suis plus dubitatif...
mais pas certain qu'Errol Vela ou Roland Martin ne soient pas conquis???

Olivier

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MessageSujet: Re: Article du JEO   Article du JEO EmptyMar 25 Oct 2011 - 19:23

C. Andres a écrit:
Remarque sur ce type d'analyse : il n'a pas fait de l'analyse prédictive mais juste descriptive. Pour renforcer ses résultats, il aurait du recollecter une série supplémentaire de fleurs, et les classer (étape de validation prospective) en utilisant les équations trouvées dans la première étape : si c'est solide, les nuages ressortent au même endroit.
OK avec vous... cheers cheers cheers

C. Andres a écrit:
Le risque est que n'importe quel groupe de plantes puisse se distinguer d'un autre étant donné le nombre des données descriptives, on dispose de 12 descripteurs pour 450 ind subfusca ce qui est plutôt bien, mais seulement 35-40 israelitica ou leucadica.
Moi je pense que 35-40 individus sont "suffisants" pour une telle analyse. Préparer et mesurer une telle quantité d'échantillons n'est pas une chose facile. Cela prend énormément de temps Sleep Sleep Sleep

Je ne sais pas si tous les "découvreurs" d'espèces en font autant... Article du JEO 26865 Article du JEO 26865 Article du JEO 26865

Olivier a écrit:
Peut-être que l'analyse de Lowe s'étend sur une surface trop grande pour répondre à la biométrie?
Cette affirmation est pour moi totalement incompréhensible. Pour quelle raison sur une grande surface donc avec beaucoup plus d'échantillons on n'obtiendrait pas de bon résultats. Au contraire, plus on a d'échantillons plus on affine les résultats... study study study

Rhellicanus
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